Использование np.asarray с Biopython get_residues: KeyError ⇐ Python

[Anonymous]

У меня есть цепочка Bio.PDB под названием targetChain. Это цепочка E из 1nwx.
Вот как выглядит мой код:

Код: Выделить всё

>>> X = [r for r in targetChain.get_residues()]
>>>
>>> np.asarray(X)

Traceback (most recent call last):
File "", line 1, in 
File "/opt/python-2.7.12/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/numeric.py", line 531, in asarray
return array(a, dtype, copy=False, order=order)
File "/opt/python-2.7.12/lib/python2.7/site-packages/Bio/PDB/Entity.py", line 40, in __getitem__
return self.child_dict[id]
KeyError: 0

Не могу понять, в чем дело.
Я работаю с
python-2.7.12

numpy 1.12.0

Био версия 1.70

Еще одна странность заключается в том, что этот код отлично работает для другой структуры PDB (например, 4mne Chain B).

Кроме того, я попробовал это на другой машине с numpy 1.8.0rcl, и она отлично работает для обеих PDB, которые я только что упомянул (1nwxE и 4mneB).>

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/484 ... s-keyerror