Ошибка ContainerAlreadyContains при оптимизации с помощью Cobra ⇐ Python

[Anonymous]

Я пытаюсь провести оптимизацию с помощью Cobra, чтобы создать курятник для двух организмов. Для этого я установил ограничения и цели, как это описано в документации. К сожалению, мой код выдает ошибку ContainerAlreadyContains, и я понятия не имею, откуда она взялась; поиск в инете не помог. Я понимал, что мои новые ограничения будут добавлены к тем, которые уже есть в модели, или, возможно, они перезапишут старые ограничения, если затрагивают тот же компонент, или это неправильно?
Я использую две другие модели, но сумел выдать ту же ошибку с тестовой моделью Cobra с кодом, опубликованным ниже. Использование Python 3.7.0 и Cobra 0.19.0.
import cobra
import copy
import cobra.test

def optimize_model(inmodel, medium, biomass, verbose=False):
model = copy.deepcopy(inmodel)
metabolites = list(medium.keys())
reactions = [r.id for r in model.reactions]

#variables
thetas = {}
for m in metabolites:
var = model.problem.Variable(name="theta_{}".format(m), lb=0, type="binary")
thetas["theta_{}".format(m)] = var

#constraints
constraints = []
for m in metabolites:
try:
const = model.problem.Constraint(model.reactions.get_by_id(m).flux_expression +
model.reactions.get_by_id(m).lower_bound*thetas["theta_"+m],
lb=model.reactions.get_by_id(m).lower_bound,
name="V_COOPM_{}".format(m))
constraints.add_cons_vars(const)
except:
pass
VBM_COMPM = model.optimize().objective_value / 10
cost = model.problem.Constraint(biomass.flux_expression, lb=VBM_COMPM)
constraints.append(cost)

#objective
obj = model.problem.Objective(sum(thetas[t] for t in thetas.keys()),
direction="max")

model.add_cons_vars(constraints)
model.objective = obj
model.solver.update()
status = model.optimize()

medium = {
'EX_ala__L_e': 'Alanine', 'EX_arg__L_e': 'Arginine',
'EX_cys__L_e': 'Cysteine', 'EX_glu__L_e': 'Glutamic acid',
'EX_gly_e': 'Glycine', 'EX_his__L_e': 'Histidine',
'EX_leu__L_e': 'Leucine', 'EX_lys__L_e': 'Lysine', 'EX_orn_e': 'Ornithine',
'EX_phe__L_e': 'Phenylalanine', 'EX_pro__L_e': 'Proline',
'EX_ser__L_e': 'Serine', 'EX_thr__L_e': 'Threonine',
'EX_trp__L_e': 'Tryptophane', 'EX_val__L_e': 'Valine',
'EX_cit_e': 'citric acid', 'EX_fum_e': 'Fumaric acid',
'EX_male_e': 'maleic acid', 'EX_pyr_e': 'pyruvic acid',
'EX_succ_e': 'succinic acid', 'EX_glc__D_e': 'glucose',
'EX_urea_e': 'Urea', 'EX_na1_e': 'Sodium', 'EX_cl_e': 'Chloride',
'EX_k_e': 'Potassium', 'EX_pi_e': 'Phosphate', 'EX_mg2_e': 'Magnesium',
'EX_so4_e': 'Sulphate', 'EX_ca2_e': 'Calcium', 'EX_zn2_e': 'ZnCl2',
'EX_mn2_e': 'MnCl2', 'EX_cobalt2_e': 'CoCl2', 'EX_cu2_e': 'CuCl2',
'EX_ni2_e': 'NiCl2', 'EX_mobd_e': 'MoNa2O4', 'EX_adocbl_e': 'Cyanocobalamine',
'EX_4abz_e': 'p-Aminobenzoic acid', 'EX_btn_e': 'Biotin', 'EX_nac_e': 'Nicotinic acid',
'EX_pnto__R_e': 'Ca-D-Pantothenic acid', 'EX_pydam_e': 'Pyridoxamine-2HCl',
'EX_thm_e': 'Thiamine-dichloride', 'EX_ribflv_e': 'Riboflavin', 'EX_o2_e': 'Oxygen',
'EX_fe2_e': 'Fe3+', 'EX_h2o_e': 'Water', 'EX_co2_e': 'Co2'
}

model = cobra.test.create_test_model("textbook")
for r in model.reactions:
if r.id == "Biomass_Ecoli_core":
biomass = r
break
optimize_model(model, medium, biomass, True)


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/654 ... with-cobra