Как получить данные секвенирования одноклеточной РНК из NCBI и обработать их с помощью Python? ⇐ Python
-
Гость
Как получить данные секвенирования одноклеточной РНК из NCBI и обработать их с помощью Python?
Я новичок в анализе секвенирования scRNA, и мне трудно приступить к процессу анализа данных. Я загружаю набор данных размером примерно 35 ГБ из NCBI с помощью SRA ToolKit. (https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/i ... ata-access).
После загрузки я это в виде fastq. Отсюда я не знаю, что делать. Файл очень огромен, поэтому различные онлайн-руководства по секвенированию scRNA не очень хороши, поскольку размер файла создает совершенно другую проблему.
Я использую Python.
Кто-нибудь знает, что здесь делать? Или вы могли бы указать мне правильное направление? Спасибо.
Источник: https://stackoverflow.com/questions/781 ... ss-with-py
Я новичок в анализе секвенирования scRNA, и мне трудно приступить к процессу анализа данных. Я загружаю набор данных размером примерно 35 ГБ из NCBI с помощью SRA ToolKit. (https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/i ... ata-access).
После загрузки я это в виде fastq. Отсюда я не знаю, что делать. Файл очень огромен, поэтому различные онлайн-руководства по секвенированию scRNA не очень хороши, поскольку размер файла создает совершенно другую проблему.
Я использую Python.
Кто-нибудь знает, что здесь делать? Или вы могли бы указать мне правильное направление? Спасибо.
Источник: https://stackoverflow.com/questions/781 ... ss-with-py
