Арни (складывание РНК) не обнаруживает Вененарну даже после модификации utils.py ⇐ Python

[Anonymous]

Я пытаюсь использовать пакет Arnie Python для складывания РНК с Венарной и линейной складом. Тем не менее, даже после изменения UTILS.Py, чтобы включить заявления отладки и вручную добавить Венарну, Арни не обнаруживает Vienna_2. Я проверял несколько раз, что Вененарна загружается. Это на Linux, и я также использую Nano и Python. Br /> Входы (Bash): < /p>

Код: Выделить всё

ls -l /home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/bin/RNAfold
/home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/bin/RNAfold --version
< /code>
Выходы: < /p>
RNAfold 2.7.0
< /code>
Это подтверждает, что Viennarna установлен и исполняется. .py
input (bash): < /li>
< /ol>
python -c "import arnie.utils; print(arnie.utils.__file__)"
< /code>
output: < /p>
/home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/lib/python3.9/site-packages/arnie/utils.py
< /code>
Я изменяю правильный файл. /li>
< /ol>
/home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/lib/python3.9/site-packages/arnie/utils.py,
< /code>
i измененный load_package_locations () следующим образом: < /p>
input (python): < /p>
import os

def load_package_locations():
package_locs = {}

# Debugging ViennaRNA
vienna_path = "/home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/bin/RNAfold"
print(f"DEBUG: Checking ViennaRNA path: {vienna_path}")

if os.path.exists(vienna_path):
package_locs["vienna_2"] = vienna_path
print("DEBUG: ViennaRNA detected!")
else:
print("DEBUG: ViennaRNA NOT found!")

eterna_path = "/home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/bin/eternafold"
if os.path.exists(eterna_path):
package_locs["eternafold"] = eterna_path

print("DEBUG: Package locations detected:", package_locs)

return package_locs
< /code>
сохранил файл (Ctrl + x → Y → Enter) и перезапущенный Python. < /p>
[list]
[*] Принудительный Python для перезагрузки utils.py
попытался принудить Python перезагрузить utils.py:
< /ol>
input (python) < /p>
>import importlib
import arnie.utils
importlib.reload(arnie.utils)

from arnie.utils import load_package_locations
print(load_package_locations())

< /code>
❌ Но операторы отладки никогда не появляются.
❌ vienna_2 все еще отсутствует на выходе. < /p>

[*] Удаленный кэш Python ([b] pycache [/b])
[/list]
input (bash) 
rm -rf /home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/lib/python3.9/site-packages/arnie/__pycache__/
< /code>
затем перезапустил Python, но все еще нет изменений. < /p>

 Полностью переустановил Арни и удалил все оставшиеся Файлы < /li>
< /ol>
input (bash): < /p>
pip uninstall arnie

rm -rf /home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/lib/python3.9/site-packages/arnie/
< /code>
переустановлен (bash) < /p>
pip install --no-cache-dir arnie

повторно модифицировал utils.py, чтобы добавить Vienna_2 вручную, но Python все еще не обнаруживает его.

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/794 ... g-utils-py