Арни (складывание РНК) не обнаруживает Вененарну даже после модификации utils.py ⇐ Linux

[Anonymous]

Я пытаюсь использовать пакет Arnie Python для складывания РНК с Венарной и линейной складом. Тем не менее, даже после изменения UTILS.Py, чтобы включить заявления отладки и вручную добавить Венарну, Арни не обнаруживает Vienna_2. Я проверял несколько раз, что Вененарна загружается. Это на Linux, и я также использую Nano и Python. br/> Входы (Bash):
ls -l/home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/bin/rnafold
/home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/bin/rnafold -Версия < /p>
Выходы:
rnafold 2.7.0 < /p>
Это подтверждает, что Viennarna установлен и исполняется. < /p>

• Проверено, использует ли Arnie правильный utils.py
  input (bash):
  python -c "import.utils; print (print (print (print arnie.utils. file ) "

output:
/home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/ lib/python3.9/site-packages/arnie/utils.py
Я изменяю правильный файл.

• < Br/>
• Modified utils.py для добавления операторов отладки

inding /home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/lib/python3.9 /site-packages/arnie/utils.py, я изменял load_package_locations () следующим образом:
input (python):
Import OS
def load_package_locations ():
package_locs = {} < /p>
# Debugging ViennaRNA
vienna_path = "/home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/bin/RNAfold"
print(f"DEBUG: Checking ViennaRNA path: {vienna_path}")

if os.path.exists(vienna_path):
package_locs["vienna_2"] = vienna_path
print("DEBUG: ViennaRNA detected!")
else:
print("DEBUG: ViennaRNA NOT found!")

eterna_path = "/home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/bin/eternafold"
if os.path.exists(eterna_path):
package_locs["eternafold"] = eterna_path

print("DEBUG: Package locations detected:", package_locs)

return package_locs
< /code>
сохранил файл (Ctrl + x → Y → Enter) и перезапущенный Python. < /p>

• Принудительный Python для перезагрузки utils.py
  попытался принудить Python перезагрузить utils.py:
  < /ol>
  input (python) < /p>
  > importlib
  import arnie.utils
  importlib.reload(arnie.utils)
  from arnie.utils import_package_locations
  print (load_package_locations ())
  Но операторы отладки никогда не появляются.
  vienna_2 все еще отсутствует на выходе. < /p>
• Удаленный кеш питона ( pycache )

input (bash)
rm -rf/home/vboxuser/miniconda3 /envs/rna_env/lib/python3.9/site-packages/arnie/pycache/
затем перезапустил Python, но все же нет изменений.

полностью переустановил Арни и удалил все оставшиеся файлы < /li>
< /ol>
input (bash) :
pip uninstall arnie
rm -rf /home/vboxuser/miniconda3/envs/rna_env/lib/python3.9/site-packages/ arnie /
inerstalleded (bash) < /p>
pip install-no-cache-dir arnie
повторно модифицированный utils.py, чтобы добавить веной_2 вручную, но Python все еще делает не обнаруживает это.

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/794 ... g-utils-py