CobraPy — изменение границ реакции на копию реакции модели не распознается, несмотря на то, что она уже существует ⇐ Python

[Anonymous]

Я работаю над учебным пособием по анализу баланса потоков с помощью CobraPy (https://cnls.lanl.gov/external/qbio2018 ... slides.pdf) и пытаюсь повторить свои результаты с помощью CobraPy. Похоже, мне нужно создать отдельную копию реакции «Biomass_Ecoli_core», чтобы она была «Biomass_Ecoli_WT», для которой я бы выполнил FBA. В документации по cobrapy я нашел способ скопировать основную реакцию в копию реакции WT. Однако, когда я теперь представляю новые границы реакции и задачу оптимизации:

Код: Выделить всё

##This code lets us run Flux Balance Analysis to maximize flux through biomass (growth)
##and output a .csv of the flux values in the solution
import cobra
# import cobra.test
import cobra.io
from cobra.io import load_model
from cobra import Model, Reaction, Metabolite

#cobra.io.load_model('textbook')
import pandas
#Load the model for genome scale E. coli iJO1366
model = load_model("textbook")
#model = create_test_model("ecoli")
#Set the objective to biomass
# creating a new WT copy of Ecoli Core Rxn as objective-type fxn
reaction_WT = model.reactions.get_by_id("Biomass_Ecoli_core").copy()
reaction_WT.id = "Biomass_Ecoli_WT"
model.reactions.insert(13,reaction_WT)
model.reactions
#model.reactions.get_by_id("Ec_biomass_iJO1366_core_53p95M").objective_coefficient = 0
model.reactions.get_by_id("Biomass_Ecoli_core").objective_coefficient = 0 # this is index 12
model.reactions
#model.reactions.get_by_id("Ec_biomass_iJO1366_WT_53p95M").objective_coefficient = 1.0
model.reactions.get_by_id("Biomass_Ecoli_WT").objective_coefficient = 1.0
#Set constraints for aerobic growth in glucose minimal media
model.reactions.get_by_id("EX_glc_e").lower_bound= -10
model.reactions.get_by_id("EX_o2_e").lower_bound = -15
#Solve
solution = model.optimize() #solution is stored at model.solution
#Output solution
print('Growth Rate: '+str(solution.objective_value)+' 1/h')
df=pandas.DataFrame.from_dict([solution.x_dict]).T
df.to_csv('FBA_max_biomass.csv')

# Output more information
model.summary()

говорит, что реакция модели не распознана


даже если оно присутствует в списке реакций:
[img]https://i.sstatic.net /Pzcni.png[/img]

Что происходит?

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/764 ... cognized-d