Можно ли списать тензор диагонального давления или вязкость в янтаре? ⇐ Python

[Anonymous]

Я пытался вычислить тензор давления с помощью данных моделирования AMBER. Я сохранил силу, скорость и траекторию для каждого снимка и попытался вычислить тензор давления вручную в Python, используя уравнение Green-Kubo. Насколько я понимаю, файл mden сохраняет диагональные компоненты тензора давления как pres_x , pres_y и pres_z в строке № 3. Однако, когда я сравнил свои результаты со значениями из файла mden (построение nsteps против pres_x ), Не было никакой корреляции. < /p>
Чтобы обеспечить правильные граничные условия, я перевел траекторию в поле имитации перед вычислением тензора давления. Моя конечная цель - вычислить вязкость, и я моделирую ионную жидкую систему с 25 000 атомов в периодических граничных условиях (PBC) в поле имитации 90 × 90 × 90 ų. < /P>
i Я ищу руководство по следующему: < /p>

Можно ли напрямую вывести полный (как диагональный, так и вне диагональный) тензор давления или вязкость из янтарного молекулярного динамика симуляция? Если требуются изменения в исходном коде, как я должен продолжить? На основе информации о скорости, силе и траектории? Если у кого -то есть опыт работы с этим, я был бы признателен за пониманием того, как вы приблизились к нему. Спасибо!

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/794 ... y-in-amber