Ошибка импорта модулей Python в блоке сценария nextflow ⇐ Python

[Anonymous]

У меня проблема, аналогичная описанной здесь и здесь. Код следующий:

Код: Выделить всё

process q2_predict_dysbiosis { publishDir 'results', mode: 'copy'

input:
path abundance_file
path species_abundance_file
path stratified_pathways_table
path unstratified_pathways_table

output:
path "${abundance_file.baseName}_q2pd.tsv"

script:
"""
#!/usr/bin/env python

from q2_predict_dysbiosis import calculate_index
import pandas as pd

pd.set_option('display.max_rows', None)

taxa = pd.read_csv("${species_abundance_file}", sep="\\t", index_col=0)
paths_strat = pd.read_csv("${stratified_pathways_table}", sep="\\t", index_col=0)
paths_unstrat = pd.read_csv("${unstratified_pathways_table}", sep="\\t", index_col=0)

score_df = calculate_index(taxa, paths_strat, paths_unstrat)
score_df.to_csv("${abundance_file.baseName}_q2pd.tsv", sep="\\t", float_format="%.2f")
"""
}

Получена ошибка:

Код: Выделить всё

Caused by:
Process `q2_predict_dysbiosis (1)` terminated with an error exit status (1)

Command executed:

#!/usr/bin/env python

from q2_predict_dysbiosis import calculate_index
import pandas as pd

pd.set_option('display.max_rows', None)

taxa = pd.read_csv("abundance1-taxonomy_table.txt", sep="\t", index_col=0)
paths_strat = pd.read_csv("pathways_stratified.txt", sep="\t", index_col=0)
paths_unstrat = pd.read_csv("pathways_unstratified.txt", sep="\t", index_col=0)

score_df = calculate_index(taxa, paths_strat, paths_unstrat)
score_df.to_csv("abundance1_q2pd.tsv", sep="\t", float_format="%.2f")

Command exit status:
1

Command output:
(empty)

Command error:
Traceback (most recent call last):
File ".command.sh", line 3, in 
from q2_predict_dysbiosis import calculate_index
ModuleNotFoundError: No module named 'q2_predict_dysbiosis'

Я выполнил инструкции по этой ссылке, но все равно не работает. Я хотел бы сохранить блок кода таким, а не запускать файл script.py. Я использую код из этого репозитория.
Заранее спасибо!
ОБНОВЛЕНИЕ
Чтобы попытаться устранить ошибку импорта, я сделал следующее:

• Создал каталог bin/, который находится в тот же каталог, что и script.nf. Никаких результатов.
• Изменение декларации shebang. Нет результатов.

Код: Выделить всё

q2_predict_dysbiosis

не установлен (у него нет инструкций по установке), но он запускается локально. Я думаю, проблема в том, что Nextflow не находит q2_predict_dysbiosis.py, хотя он находится в каталоге ./bin.

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/791 ... ript-block