R: запустить функцию Python с сетчатой передачей аргументов в виде переменных R (нужен r_to_py()?) ⇐ Python
-
Anonymous
R: запустить функцию Python с сетчатой передачей аргументов в виде переменных R (нужен r_to_py()?)
Я использую программу Pythonitchr внутри пакета R, поэтому запускаю ее с помощью reticulate.
Я следую инструкциям, перечисленным здесь.
Я создаю файл «run_stitchr.py» со следующим содержимым:
# импортировать строчку из Stitchr импортируйте функции строчки как fxn из Stitchr импортировать стежок как st # укажите детали о локусе, который нужно сшить цепочка = 'ТРБ' вид = 'ЧЕЛОВЕК' # инициализируем необходимые данные tcr_dat, функциональность, частичный = fxn.get_imgt_data(цепочка, st.gene_types, виды) кодоны = fxn.get_optimal_codons('', виды) # предоставить подробную информацию о перестановке, которую нужно сшить tcr_bits = {'v': 'TRBV7-3*01', 'j': 'TRBJ1-1*01', 'cdr3': 'CASSYLQAQYTEAFF', 'l': 'TRBV7-3*01', 'c': 'TRBC1*01', «skip_c_checks»: ложь, «виды»: виды, «бесшовный»: ложь, '5_prime_seq': '', '3_prime_seq': '', 'name': 'TCR'} # затем запустите stackr для этой перестановки сшитый = st.stitch(tcr_bits, tcr_dat, функциональность, частичный, кодоны, 3, '') И я просто запускаю это так:
stitchr_results
Я использую программу Pythonitchr внутри пакета R, поэтому запускаю ее с помощью reticulate.
Я следую инструкциям, перечисленным здесь.
Я создаю файл «run_stitchr.py» со следующим содержимым:
# импортировать строчку из Stitchr импортируйте функции строчки как fxn из Stitchr импортировать стежок как st # укажите детали о локусе, который нужно сшить цепочка = 'ТРБ' вид = 'ЧЕЛОВЕК' # инициализируем необходимые данные tcr_dat, функциональность, частичный = fxn.get_imgt_data(цепочка, st.gene_types, виды) кодоны = fxn.get_optimal_codons('', виды) # предоставить подробную информацию о перестановке, которую нужно сшить tcr_bits = {'v': 'TRBV7-3*01', 'j': 'TRBJ1-1*01', 'cdr3': 'CASSYLQAQYTEAFF', 'l': 'TRBV7-3*01', 'c': 'TRBC1*01', «skip_c_checks»: ложь, «виды»: виды, «бесшовный»: ложь, '5_prime_seq': '', '3_prime_seq': '', 'name': 'TCR'} # затем запустите stackr для этой перестановки сшитый = st.stitch(tcr_bits, tcr_dat, функциональность, частичный, кодоны, 3, '') И я просто запускаю это так:
stitchr_results
