У меня есть 3 блока последовательностей, если я посмотрю на позицию 234, если в этой позиции есть V, I, E, выведите 1, если не выведите 0. Выходные данные будут содержать названия аминокислот и либо 1, либо 1. 0 под каждым именем. В этом случае под каждой аминокислотой будет три единицы: 1 или 0. Например, результат будет выглядеть так:
Valine Isoleucine Glutamic Acid
0 0 0
1 0 0
0 1 0
Код дает правильные ответы, но на выходе будет вертикальная линия из единиц и нулей. Любая помощь приветствуется.
v_list = []
i_list = []
e_list = []
amino_list = 'Valine','Isoleucine' ,'Glutaminc Acid'
content = fasta.read()
print('Valine'+'\t'+'Isoleucine'+'\t'+ 'Glutamic Acid'+'\n')
for line in content.split(">"):
if re.search(r"fibroblast growth factor receptor 1 isoform", line):
sequence = re.sub('NP.*]', '', line)
amino = sequence[4]
if amino in ['V']:
v_list.append(1)
else:
v_list.append(0)
if amino in ['I']:
i_list.append(1)
else:
i_list.append(0)
if amino in ['E']:
e_list.append(1)
else:
e_list.append(0)
for row in v_list:
print row
Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/791 ... -one-is-at
Найдите определенную группу из трех букв аминокислот в последовательности. Если какой-либо из них находится в этом месте ⇐ Python
-
- Похожие темы
- Ответы
- Просмотры
- Последнее сообщение
-
-
Сортировать массив названий месяцев из трех букв в хронологическом порядке [дубликат]
Anonymous » » в форуме Php - 0 Ответы
- 21 Просмотры
-
Последнее сообщение Anonymous
-