Найдите определенную группу из трех букв аминокислот в последовательности. Если какой-либо из них находится в этом местеPython

Программы на Python
Ответить Пред. темаСлед. тема
Anonymous
 Найдите определенную группу из трех букв аминокислот в последовательности. Если какой-либо из них находится в этом месте

Сообщение Anonymous »

У меня есть 3 блока последовательностей, если я посмотрю на позицию 234, если в этой позиции есть V, I, E, выведите 1, если не выведите 0. Выходные данные будут содержать названия аминокислот и либо 1, либо 1. 0 под каждым именем. В этом случае под каждой аминокислотой будет три единицы: 1 или 0. Например, результат будет выглядеть так:
Valine Isoleucine Glutamic Acid
0 0 0
1 0 0
0 1 0

Код дает правильные ответы, но на выходе будет вертикальная линия из единиц и нулей. Любая помощь приветствуется.
v_list = []
i_list = []
e_list = []
amino_list = 'Valine','Isoleucine' ,'Glutaminc Acid'
content = fasta.read()
print('Valine'+'\t'+'Isoleucine'+'\t'+ 'Glutamic Acid'+'\n')
for line in content.split(">"):
if re.search(r"fibroblast growth factor receptor 1 isoform", line):
sequence = re.sub('NP.*]', '', line)
amino = sequence[4]
if amino in ['V']:
v_list.append(1)
else:
v_list.append(0)
if amino in ['I']:
i_list.append(1)
else:
i_list.append(0)
if amino in ['E']:
e_list.append(1)
else:
e_list.append(0)

for row in v_list:
print row


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/791 ... -one-is-at
Реклама
Ответить Пред. темаСлед. тема

Быстрый ответ

Изменение регистра текста: 
Смайлики
:) :( :oops: :roll: :wink: :muza: :clever: :sorry: :angel: :read: *x)
Ещё смайлики…
   
К этому ответу прикреплено по крайней мере одно вложение.

Если вы не хотите добавлять вложения, оставьте поля пустыми.

Максимально разрешённый размер вложения: 15 МБ.

  • Похожие темы
    Ответы
    Просмотры
    Последнее сообщение

Вернуться в «Python»