Как мне отформатировать это регулярное выражение, чтобы найти нужную последовательность аминокислот? ⇐ Python

[Anonymous]

Я ищу аминокислоту в последовательностях в файле fasta. Я проверяю, является ли 564-я аминокислота в последовательности буквой V, I или E. Файл, к которому осуществляется доступ, был прочитан и обработан как часть другой функции. Код ниже:

Код: Выделить всё

with open("/Users/adia/Downloads/FGFR_fusion.fasta",'r') as fasta:
test = fasta.read()
test = test.split(">")
del test[0]
out = open("/Users/adia/Desktop/PSB HW_6.txt", 'w')
for x in test:
if 'fibroblast growth factor receptor 1 isoform' in x:
out.write(x)

with open("/Users/adia/Desktop/PSB HW_6.txt", 'r') as filtered:
test2 = filtered.read()
out = open("/Users/adia/Desktop/564ID.txt", 'w')

** AA564 = re.compile('^M.{562}[IVE]')**
matches = re.finditer(AA564,test2)

found = []
for match in matches:
found.append(match.group(0))
print(f"Found {match.group(0)} at position {match.start()}.\n")

if found == []:
print("No match found.")

No match found.

Я точно знаю, что есть как минимум одно совпадение (я сам читал и разделял каждую последовательность), но по какой-то причине это не работает.
Я пробовал массу вариантов этого регулярного выражения:

• re.compile('M.{562}[IVE]')
• re.compile('^M.{562}[IVE]')
• re.compile('^M.{562}[IVE]', re.M)
• re.compile('^M.{562}[IVE]',re.DOTALL)
• re.compile( 'M.{562}[IVE].*')
• re.compile('^M.{562}[IVE].*')
• re.compile('^M[GALMFWKQESOVICYHRNDT]{562}[IVE]')
• re.compile('M[GALMFWKQESOVICYHRNDT]{562}[IVE]')< /li>
  re.compile('^M[A-Z]{562}[IVE]'

Возможно, в нем что-то есть связано с тем, как файл форматируется при его первой записи, поскольку это входные данные в той части, с которой у меня возникают проблемы. Но я проверил, и когда он считывается и возвращается обратно, оба раза это строка. Я не могу редактировать его дальше или использовать регулярное выражение. Я пробовал использовать регулярное выражение101, чтобы увидеть, где находится несоответствие, но ничего очевидного. Может ли кто-нибудь подсказать, как решить эту проблему?
TIA!

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/791 ... d-sequence