Подстановочные знаки во входных файлах не могут быть определены из выходных файлов: «образец» ⇐ Python

[Гость]

импортировать ОС импортировать глобус ОБРАЗЦЫ = ["NP-0003-IDRL-AKU_S13_L001", "NP-0004-IDRL-AKU_S14_L001"] sample_files = [(f"samples/{sample}_R1_001.fastq.gz", f"samples/{sample}_R2_001.fastq.gz") для образца в SAMPLES] печать(ОБРАЗЦЫ) печать(sample_files)

править всем: вход: развернуть("kneaddata/{sample}_trimmomatic_stats.tsv", sample=SAMPLES) правило замешивания данных: вход: #file1=подстановочные знаки лямбда: sample_files[wildcards.sample][0], #file2=подстановочные знаки лямбда: sample_files[wildcards.sample][1] #file1=expand("samples/{sample}_R1_001.fastq.gz", sample=SAMPLES), #file2=expand("samples/{sample}_R2_001.fastq.gz", sample=SAMPLES) file1="samples/{sample}_R1_001.fastq.gz", file2="samples/{sample}_R2_001.fastq.gz" выход: outputdir=directory("kneaddata/"), #tsv1="kneaddata/{sample}_trimmomatic_stats.tsv" tsv1=expand("kneaddata/{sample}_trimmomatic_stats.tsv", sample=SAMPLES) параметры: reference_db1="/home/iqra_saleh/hg37_and_human_contamination", reference_db2="/home/iqra_saleh/human_transcriptome", tripmomatic_options="ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILINGWINDOW:4:20 MINLEN:35", Sequencer_source="TruSeq3", max_memory="1000 м", Bowtie2_options="--без смешивания" Ресурсы: процессор = 8, мем=8 оболочка: """kneaddata --input {input.file1} --input {input.file2} --output {output.outputdir} --reference-db {params.reference_db1} --reference-db {params.reference_db2} -- tripmomatic-options "{params.trimmomatic_options} -summary '{output.tsv1}'" --bypass-trf --remove-intermediate-output -p {resources.cpus} -t {resources.cpus} --max-memory {params.max_memory} --bowtie2-options="{params.bowtie2_options}" --run-trim-repetitive --run-fastqc-start --run-fastqc-end"""

Вот проблема, с которой я столкнулся: Создание DAG рабочих мест... WildcardError в правиле kneaddata в файле /home/iqra_saleh/metagenomics_snakemake/snakefile, строка 12: Подстановочные знаки во входных файлах не могут быть определены из выходных файлов: 'образец'

Когда я проверяю один образец с помощью file1=expand("samples/{sample}_R1_001.fastq.gz", sample=SAMPLES), file2=expand("samples/{sample}_R2_001.fastq.gz", sample=SAMPLES)
код работает отлично. но когда я увеличиваю размер выборки, это дает мне ошибку, которая в конечном итоге заставила меня удалить функцию расширения, чтобы одно имя выборки использовалось в качестве входных данных для каждого аргумента --input, в противном случае весь набор входных данных коллективно вызывается -- ввод данных замешивания благодаря функции расширения. Затем я в конце концов удалил функцию расширения следующим образом:
file1="samples/{sample}_R1_001.fastq.gz", file2="samples/{sample}_R2_001.fastq.gz"
но это дает мне вышеупомянутую ошибку. этой ошибки не должно быть, поскольку подстановочный знак {sample} уже определен? верно? или нам нужно поставить какую-то другую директиву, чтобы решить эту проблему? Я новичок в этом. пожалуйста помогите. У меня забавная змейка версия 7.32.3