Привет, змейка, кажется, не распознает мои подстановочные знаки в моем наборе правил. я определил все возможные выходные данные и назначил их в список modkit_outputs.
однако я получаю ошибку ниже и не знаю, как ее исправить.
Создание DAG заданий. ..
InputFunctionException in rule modkit in file //data1/greenbab/users/ahunos/apps/dorado_ont_wf/test_bedgraph.smk, line 29:
Error:
AttributeError: 'Wildcards' object has no attribute 'samples'
Wildcards:
Traceback:
File "//data1/greenbab/users/ahunos/apps/dorado_ont_wf/test_bedgraph.smk", line 31, in (rule modkit, line 40, //data1/greenbab/users/ahunos/apps/dorado_ont_wf/test_bedgraph.smk)
parent_dir = "/data1/greenbab/users/ahunos/apps/dorado_ont_wf/"
configfile: parent_dir + "config/config.yaml"
configfile: "/data1/greenbab/users/ahunos/apps/dorado_ont_wf/config/samples_009TN_044TN.yaml"
set_species = "human"
#make sample list of bedgraphs
motifs=["h", "m", "C"]
strands=["positive", "negative"]
minCoverages=[5, 10]
samplesFromConfig=list(config["samples"].keys())#.tolist()
print(f"{samplesFromConfig}")
modkit_outputs = [
f"results/modkit/{sample}/{sample}_{motif}_CG0_{strand}.bedgraph"
for sample in samplesFromConfig
for motif in motifs
for strand in strands
]
print(f"modkit outputs\n {modkit_outputs}\n")
rule all:
input:
modkit_outputs
rule modkit:
input:
lambda wildcards: config["samples"][wildcards.samples]
output:
outputs=modkit_outputs
priority: 100
params:
reference_genome=lambda wildcards: config["mm10"] if set_species == "mouse" else config["hg38"],
modkit_threads=16,
modkit_prob_percentiles=0.1,
outdir= "results/modkit/{samples}/"
shell:
"""
modkit pileup --region chr17 --threads {params.modkit_threads} --bedgraph {input} {params.outdir} \
--prefix {wildcards.samples} --cpg --combine-mods --ref {params.reference_genome}
"""
Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/790 ... te-samples
