Вызов Matlab из Python – не могу найти запись в базе данных ⇐ Linux

[Anonymous]

У меня есть сценарий Python, который загружает базу данных и серию векторов в Matlab, а затем пропускает векторы через сценарий Matlab для поиска записей в базе данных, используя matlab.engine. Должен отметить, что этот код писал не я (он принадлежит другой исследовательской группе), поэтому у меня нет глубокого понимания его внутренней работы.
Векторы выглядят так:

Код: Выделить всё

'O2  ','N2 ','H2O ','CO2 ','NH3  ','CH4 ','CO ','H2 ','H2S '
0.0000002 0.5 0.02 0.47 0.000000001 0.01 0.001 0.0001 3.13e-5

База данных выглядит следующим образом:

Код: Выделить всё

...
H2  33.19   1.313   -0.216
H2O 647.096 22.064  0.3449
H2O2    730.155 21.7    .358233
H2S 373.53  8.963   0.0942
H3N 405.65  11.28   0.2526
NH3 405.65  11.28   0.2526
H4N2    653.15  14.7    0.3143
HCN 456.65  5.39    0.4099
HNO3    520 6.8901  .714406
He  5.2 0.2275  -0.39
NO  180.15  6.48    0.5829
NO2 431.15  10.1325 .851088
N2  126.2   3.4 0.0377
N2O 309.57  7.245   0.1409
Ne  44.4    2.653   -0.0396
O2  154.58  5.043   0.0222
...

А код для поиска по базе данных выглядит так:

Код: Выделить всё

q = size(n);
if q(1)>q(2)
n=n';
end

for q = 1:length(names)                  % For each species passed.
index(q) = searchDataB(names(q));    % Get the index in the database of the species

if index(q) == -1                    % If the species isn't there, throw an exception.
throw(MException('Catling:missingSpecies',['Species ' names{q} ' is missing from the database.']))
end
%disp(['Using species: ' names(q)])   % Display which species are being used.

Где name — вектор названий химических веществ, а n — вектор содержания соответствующих химических веществ.
Однако когда я запускаю этот код, вызывая его из Python, я получаю сообщение об ошибке

Код: Выделить всё

Species N2  is missing from the database.

Error in Gibbs_energy_minimization>totalGibbsInternal (line 137)
lnPhi = fugCoef(T,P,onlyPhase(1,names),onlyPhase(1,n'));

Error in Gibbs_energy_minimization (line 69)
G1=totalGibbsInternal(n_true); % Calculate the total Gibbs energy of the true initial state.

Error in Main_script_iterate (line 27)
vals=[vals; n Gibbs_energy_minimization(n')]; % run the Gibbs energy minimization routine and store the output in the vals array

Traceback (most recent call last):
File "/home/tessa/Alien Earths/phi_calc/phi calc.py", line 181, in 
phi=eng.Main_script_iterate()
File "/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/matlab/engine/matlabengine.py", line 71, in __call__
_stderr, feval=True).result()
File "/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/matlab/engine/futureresult.py", line 62, in result
return self.__future.result(timeout)
File "/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/matlab/engine/fevalfuture.py", line 76, in result
self._result = pythonengine.getFEvalResult(self._future,self._nargout, None, out=self._out, err=self._err)
matlab.engine.MatlabExecutionError:
File /home/tessa/Alien Earths/phi_calc/Multiphase_disequilibrium/fugCoef.m, line 32, in fugCoef

File /home/tessa/Alien Earths/phi_calc/Multiphase_disequilibrium/Gibbs_energy_minimization.m, line 137, in totalGibbsInternal

File /home/tessa/Alien Earths/phi_calc/Multiphase_disequilibrium/Gibbs_energy_minimization.m, line 69, in Gibbs_energy_minimization

File /home/tessa/Alien Earths/phi_calc/Multiphase_disequilibrium/Main_script_iterate.m, line 27, in Main_script_iterate
Species N2  is missing from the database.

Единственные химические вещества в векторе названий, которые не вызывают этой ошибки, — это «O2» и «H2O». То же самое происходит, когда я запускаю эту часть скрипта прямо в Matlab на своем ПК (под управлением Linux Mint). Однако, когда я запускаю сценарий Matlab в Matlab онлайн, эта часть работает нормально, что заставляет меня задаться вопросом, есть ли какой-то конфликт между Matlab и Linux Mint.
Есть идеи, почему скрипт не может найти эти конкретные химические вещества в базе данных?
Спасибо!

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/788 ... base-entry