В BouncyCastle существует класс, представляющий путь сертификата.
PKIXCertPath
https://javadoc. io/static/org.bouncycastle/bcprov-ext-jdk15on/1.52/org/bouncycastle/jcajce/provider/asymmetric/x509/PKIXCertPath.html
Я не уверен, как создать объект этого класса. Любые подсказки или ссылки будут оценены по достоинству. Образцов после поиска я не нашел и есть несколько классов-строителей.
Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/788 ... uncycastle