Pymol - обнаружение столкновений между вращающимися пептидами ⇐ Python

[Anonymous]

У меня есть трипептид(leu-lys-trp), открытый в Pymol, и скрипт, который вращает пептиды leu и trp вокруг центрального пептида - lys.

Код: Выделить всё

from pymol import stored
from time import sleep

#select leu AA
cmd.select("LEU-sel","/leu///LEU")
#select trp AA
cmd.select("TRP","/leu///TRP")
#create selection of atom which i need to rotate around
cmd.select("TRPlys", "/leu///LYS`3/C")
xyz = cmd.get_model("TRPlys", 1).get_coord_list()

trp_con = []
cmd.iterate_state(1, "TRPlys","trp_con.append((x,y,z))")

print trp_con
i = 0
for i in range(0,100):
cmd.rotate(xyz[0], 1, "TRP",0,1, None, trp_con[0])
cmd.refresh()
sleep(0.1)

Мне нужно остановить вращение, если произойдет какое-либо столкновение между атомами этих пептидов.

Есть ли такое столкновение инструмент в pymol, который облегчит обнаружение столкновений?

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/410 ... g-peptides