Взвешенный по краям Spring Embedded Layout на основе идентичности в py4cytoscape ⇐ Python

[Anonymous]

Я пытаюсь автоматизировать создание сетей с помощью Cytoscape. В частности, я хочу использовать встроенный макет Spring с взвешиванием по краям, основанный на идентичности с py4cytoscape. Хотя этот макет доступен вручную в Cytoscape (Макет > Встроенный макет Spring с взвешиванием по краям > идентификатор), мне не удалось найти сценарий для его программной реализации.
Я предоставляю Cytoscape файл GML, содержащий всю необходимую информацию. Структура файла GML следующая:

Код: Выделить всё

graph [
node [
id 0
label "labelname1"
]
node [
id 1
label "labelname2"
]
node [
id 2
label "labelname3"
]
...
node [
id 2125
label "labelnamex"
]
edge [
source 0
target 0
identity 100.0
]
edge [
source 0
target 1
identity 44.4
]
edge [
source 0
target 2
identity 32.9
]
...
]

Вот возможные макеты, доступные в Cytoscape:

Код: Выделить всё

['attribute-circle', 'stacked-node-layout', 'attribute-grid', 'degree-circle', 'circular', 'attributes-layout', 'kamada-kawai', 'force-directed', 'cose', 'grid', 'hierarchical', 'fruchterman-rheingold', 'isom', 'force-directed-cl']

Каждый макет имеет разные свойства, которые можно получить с помощью команды:

Код: Выделить всё

p4c.get_layout_property_names('...')

Например:

Код: Выделить всё

p4c.get_layout_property_names('kamada-kawai')

Код: Выделить всё

['m_averageIterationsPerNode',
'm_nodeDistanceStrengthConstant',
'm_nodeDistanceRestLengthConstant',
'm_disconnectedNodeDistanceSpringStrength',
'm_disconnectedNodeDistanceSpringRestLength',
'm_anticollisionSpringStrength',
'm_layoutPass',
'singlePartition',
'unweighted',
'randomize']

или

Код: Выделить всё

p4c.get_layout_property_names('force-directed')

Код: Выделить всё

['numIterations',
'defaultSpringCoefficient',
'defaultSpringLength',
'defaultNodeMass',
'isDeterministic',
'singlePartition']

Не могли бы вы помочь мне найти или создать сценарий, который применяет встроенный макет Spring с взвешиванием по краям на основе идентификации с использованием py4cytoscape или py2cytoscape?

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/786 ... 4cytoscape