Использование dc.plot_network и невозможность печати стрелокPython

Программы на Python
Anonymous
Использование dc.plot_network и невозможность печати стрелок

Сообщение Anonymous »

Я запускаю эту функцию развязки, которая распечатывает сеть, используя источники и цели курируемой коллекции TF и ​​их целей транскрипции. Я использовал Collectri в качестве коллекции (сети), однако мне не удалось получить взаимодействие между источниками и целями.
Это руководство, которому я следовал: https://decoupler -py.readthedocs.io/en/latest/notebooks/dorothea.html
Это функция и параметры, которые я использую:

Код: Выделить всё

#curated collection of TFs and their transcriptional targets
net = dc.get_collectri(organism='human', split_complexes=False)

dc.plot_network(
net=net,
n_sources=['PAX5', 'EBF1', 'RFXAP'],
n_targets=15,
node_size=100,
s_cmap='white',
t_cmap='white',
c_pos_w='darkgreen',
c_neg_w='darkred',
figsize=(5, 5)
)
И вот что я получаю:
Изображение


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/783 ... int-arrows

Вернуться в «Python»