Использование Nextflow для получения «java.net.SocketTimeoutException: время ожидания чтения истекло» ⇐ JAVA

[Anonymous]

Я столкнулся с проблемой в рабочем процессе Nextflow и буду признателен за любые рекомендации по ее устранению. Я получаю следующую ошибку:
java.net.SocketTimeoutException: время чтения истекло
Контекст:
Инструмент: Nextflow
Nextflow Версия: 24.04.2 сборка 5914
Операционная система: Linux 5.15.153.1-microsoft-standard-WSL2
Среда выполнения: локальная
Среда выполнения: Groovy 4.0.21 на 64-битной серверной виртуальной машине OpenJDK 11.0.22+7- post-Ubuntu-0ubuntu220.04.1
Тип анализа: анализ секвенирования всего генома
ОШИБКА ~ Ошибка выполнения процесса › 'NFCORE_ SAREK: PREPARE_ GENOME: TABIX_GERMLINE_RESOURCE (1)
Причина:
java.net.SocketTimeoutException: истекло время чтения
Я проверил .nextflow.log и nextflow.config, но до сих пор не знаю, как решить эту проблему. Я пробовал увеличить тайм-аут, но это тоже не сработало.
Как я могу настроить сетевые настройки Nextflow, чтобы избежать ошибок тайм-аута?
Есть ли в Nextflow определенные конфигурации, которые могут помочь эффективно управлять тайм-аутами сети?
Каковы рекомендуемые методы настройки сетевых параметров в конвейерах Nextflow?
Мы будем очень признательны за ваши идеи и предложения.
Спасибо за ваше мнение помощь.

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/786 ... -timed-out