Функция плотности вероятности с функцией Рамачандрана MDAnaанализа в Python ⇐ Python

[Anonymous]

Мои данные представляют собой траекторию MD, которую мы проделали с белком. Моя идея состоит в том, чтобы построить график Рамачандрана с цветовым градиентом. Содержит информацию обо всех кадрах траектории, но с одинаковым цветом и размером, из-за этого изображение очень сложно прочитать.
Я использую следующий код чтобы получить данные Рамачандрана.

Код: Выделить всё

import MDAnalysis as mda

import warnings
warnings.filterwarnings('ignore')

from MDAnalysis.analysis.dihedrals import Ramachandran

u = mda.Universe(topology, trajectory)
r = u.select_atoms("protein")

R = Ramachandran(r).run()

Затем, чтобы построить график, я использую следующий код:

Код: Выделить всё

import matplotlib.pyplot as plt
fig, ax = plt.subplots(figsize=plt.figaspect(1))
R.plot(ax=ax, color='y', marker='.')
plt.show()

Изображение Рамачандрана
Я надеюсь получить такое изображение:
Область, где значения появляются чаще, должна иметь цвет, а область, где значения отображаются не так часто, будет иметь другой цвет. Это что-то вроде «трехмерной функции плотности вероятности».
Может быть, я собираюсь сделать что-то выходящее за рамки моей лиги. Но на данный момент это путь, который я вижу, чтобы достичь того, чего хочу. Если у кого-то есть совет на будущее, я буду признателен!

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/786 ... -in-python