Как мне просмотреть файлы mgz и преобразовать их в файлы nii с помощью сценария оболочки и freesurfer? ⇐ Linux

[Anonymous]

Мне нужно автоматизировать преобразование файлов mgz в файлы nii с помощью freesurfer. Я пробовал несколько разных тактик, но по какой-то причине мой скрипт не проходит через файлы, и их невозможно прочитать. Это не проблема с разрешениями, поскольку я могу выполнять с файлами другие команды.
Я создал сценарий оболочки, который запрашивает у пользователя путь к файлу для любой папки, в которой хранятся файлы. Когда я запускаю его, он говорит: «mri_convert: отсутствует имя выходного тома
введите mri_convert -u для использования».
Вот мой сценарий с циклом:

Код: Выделить всё

#!/bin/bash

#ask user for filepath - Works
read -p "Enter filepath: " fp

#confirm filepath - Works
read -p "Continue? You said ${fp} (Y/N): " confirm && [[ $confirm == [yY] || $confirm == [yY][eE][sS] ]] || exit 1

#loop through files
for FILE in "${fp}/*"
do
#seperate file extentsion and name
filepath=$fp$file
filename_with_ext=$(basename $filepath)
filename="${filename_with_ext%.*}"
extension="${filename_with_ext##*.}"

#concatinate filename with new extension
ni_file="${filename}.nii"

#convert to nii using now seperated file name concaqtinated with .nii
mri_convert ${file} ${ni_file}

done

Мне бы хотелось, чтобы сценарий запрашивал у пользователя путь к папке, содержащей все файлы. Затем я хочу просмотреть эту папку и для каждого файла получить отдельное имя файла с исходным расширением файла и имя файла с расширением файла nii. Я пытаюсь сделать это, отделяя имя файла от его исходного расширения, а затем объединяя имя файла с .nii. Наконец, я хочу вызвать mri_convert для файла, используя его исходное имя и расширения файла, а затем имя целевого файла с расширением nii.

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/785 ... shell-scri