Написание тестов для функций ввода, определенных в `common.smk` (Snakemake) ⇐ Python

[Anonymous]

Мне нужен совет по тестированию функций ввода в Snakemake. Функции ввода обычно определяются в файле common.smk, например:

Код: Выделить всё

import pandas as pd
from snakemake.io import glob_wildcards

def find_fastq_files(wildcards) -> list[str]:
"""
Return a list of fastq files given sample name and processing stage.
"""

# Find the fastq file names for the sample
sample_dir = f"data/{wildcards.sample}/fastq"
file_names = glob_wildcards(f"{sample_dir}/{{file_name}}.fastq.gz").file_name

# return the file paths
return [f"{sample_dir}/{f}.fastq.gz" for f in file_names]

Мой текущий подход включает анализ результатов пробного прогона Snakemake с последующей проверкой с помощью pytest. Было бы чище обойти пробный прогон и протестировать функцию ввода напрямую, однако я не нашел простого способа импортировать функцию, определенную в common.smk.
Какой рекомендуемый способ протестировать такую ​​функцию ввода? Спасибо!


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/785 ... -snakemake