Передача значений подстановочных знаков в параметрах в Snakemake ⇐ Python

[Anonymous]

Я пытаюсь очистить конвейер данных с помощью Snakemake. Похоже, мне нужны подстановочные знаки, но мне не удается заставить их работать в параметрах.
Моей функции нужен параметр, который зависит от значения подстановочного знака. Например, скажем,
это зависит от образца, который может быть либо A, либо B.
Я попробовал следующее (мой пример более сложный, но в основном это то, что я пытаюсь сделать):

Код: Выделить всё

sample = ["A","B"]

import pandas as pd

def dummy_example(sample):
return pd.DataFrame({"values": [0,1], "sample": sample})

rule all:
input:
"mybucket/sample_{sample}.csv"

rule testing_wildcards:
output:
newfile="mybucket/sample_{sample}.csv"
params:
additional="{sample}"
run:
df = dummy_example(params.additional)
df.to_csv(output.newfile, index = False)

что дает мне следующую ошибку:

Подстановочные знаки во входных файлах не могут быть определены из выходных файлов:
'sample'

Я следовал документу и поместил расширение в раздел вывода.
Для параметров это выглядело как этот раздел, и эта ветка давала мне все необходимое
/>

Код: Выделить всё

sample_list = ["A","B"]

import pandas as pd
import re

def dummy_example(sample):
return pd.DataFrame({"values": [0,1], "sample": sample})

def get_wildcard_from_output(output):
return re.search(r'sample_(.*?).csv', output).group(1)

rule all:
input:
expand("sample_{sample}.csv", sample = sample_list)

rule testing_wildcards:
output:
newfile=expand("sample_{sample}.csv", sample = sample_list)
params:
additional=lambda wildcards, output: get_wildcard_from_output(output)
run:
print(params.additional)
df = dummy_example(params.additional)
df.to_csv(output.newfile, index = False)

InputFunctionException в строке 16 файла /home/jovyan/work/Snakefile:
Ошибка:
TypeError: ожидаемая строка или байтовый объект
Подстановочные знаки:

Есть ли какой-нибудь способ уловить значение подстановочного знака в параметрах, чтобы применить значение при запуске ?

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/713 ... -snakemake