Проблема с отсеками в метаболических моделях ⇐ Python

[Anonymous]

Я новичок в метаболических моделях и в настоящее время пытаюсь проанализировать рост некоторых метаболических моделей в масштабе генома, полученных от CarveMe. Я установил интересующий меня носитель, но при чтении файла .xml появилось такое сообщение:
Не удалось определить внешний отсек по имени и выбрать тот, у которого больше всего граничных реакций. Это может быть полная ерунда или внезапно измениться. Чтобы исправить это, рассмотрите возможность переименования ваших отсеков с помощью `Model.compartments`.
Я каким-то образом решил эту проблему, поместив имена в отсеки, но мне хотелось бы знать, есть ли какой-либо общий или лучший способ назвать отсеки, чтобы кобры могли их правильно прочитать. Я видел, что во многих случаях используются буквы «c», «p», «e», но я также видел такие вещи, как C_c, C_p, C_e.
Заранее спасибо.

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/798 ... lic-models