Генерация pdb-файлов пептидов, модифицированных с помощью RdKit на платформе Python anaconda, дает аномальные результаты ⇐ Python

[Anonymous]

Мне нужно создать пептид, который имеет на С-конце функцию -C(=O)NH2 вместо обычной -C(=O)OH. Мне предложили использовать RDKit для его создания, и я запустил следующий конвейер команд. Я создал молекулу «pep» из последовательности пептида и молекулу аммиака, используя код SMILES. Во время прогона я обнаружил, что последний C пептида находился в положении 210, поэтому удаляемый -OH состоял из атомов в положениях 212 и 396. Молекулы аммиака было достаточно, чтобы удалить последний N в положении 3. Объединение вместе N, который должен был связывать C-тер пептида, было в положении 395, когда я установил вставку новой связи. Перед преобразованием в файл PDB я проверил с помощью GetNeighbors(), прошел ли процесс хорошо.

Код: Выделить всё

conda activate rdkit-env
python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
import os
from rdkit.Chem import rdDepictor
from rdkit.Chem import rdDistGeom
aa_seq = "GDYSHASPLRYYPWWKATYPDPEGGG"
pep = Chem.MolFromSequence(aa_seq)
pep = Chem.AddHs(pep)
AllChem.EmbedMolecule(pep, useRandomCoords=True)
AllChem.MMFFOptimizeMolecule(pep)
n_ter = "N"
n_ter =Chem.MolFromSmiles(n_ter)
n_ter_h =Chem.AddHs(n_ter)
AllChem.EmbedMolecule(n_ter_h, useRandomCoords=True)
AllChem.MMFFOptimizeMolecule(n_ter_h)
id_h = 396
id_o = 212
id_n_h = 3
n_ter_ed = Chem.RWMol(n_ter_h)
n_ter_ed.RemoveAtom(id_n_h)
pep_ed = Chem.RWMol(pep)
pep_ed.RemoveAtom(id_h)
pep_ed.RemoveAtom(id_o)
combo = Chem.CombineMols(pep_ed, n_ter_ed)
binding = 210
combo_ed = Chem.RWMol(combo)
combo_ed.AddBond(210, 395, Chem.rdchem.BondType.SINGLE)
Chem.SanitizeMol(combo_ed)
desktop = os.path.join(os.path.expanduser("~"), "Desktop", "output.pdb")
Chem.MolToPDBFile(combo_ed, desktop)

Последняя молекула PyMOL была неприемлема из-за того, что карбоксамид имел достаточно растянутую C-N, которая примерно в 8 раз превышала длину нормальной одинарной связи. Более того, NH2, связанный на C-конце, помечен как UNL, и если я нажму на него, выделится вся молекула.
Как в этих случаях я могу настроить конвейер, чтобы получить лучший результат? Мне нужна эта молекула для моделирования молекулярного стыковки.

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/798 ... a-platform