Я новичок в Python. Я столкнулся с ошибкой при использовании рибодетектора.
Ошибка была следующей:
ribodetector_cpu -t 20 `
-l 100 -i C:\Users\winst\Downloads\D0_2.cream.R1.001.fq.gz C:\Users\winst\Downloads\D0_2.cream.R2 .001.fq.gz
-e rrna --chunk_size 100
-o C:\Users\winst\Downloads\D0reads.nonrrna.1.fq C:\ Users\winst\Downloads\D0reads.nonrrna.2.fq
24.04.2024 00:07:24: ИНФОРМАЦИЯ Использование файла модели с высоким уровнем MCC: C:\Users\winst\anaconda3\Lib\ site-packages\ribodetector\data/ribodetector_600k_variable_len70_101_epoch47.onnx на ЦП
2024-04-24 00:07:24: ИНФОРМАЦИЯ Классифицируйте операции чтения с размером фрагмента 100
2024-04-24 00:07:24: ИНФОРМАЦИЯ Запись выходных последовательностей, не являющихся рРНК, в файл: C:\Users\winst\Downloads\D0reads.nonrrna.1.fq, C:\Users\winst\Downloads\D0reads.nonrrna.2.fq
Traceback (большинство последний вызов):
Файл "", строка 198, в _run_module_as_main
Файл "", строка 88, в run_code
Файл "C:\Users\winst\anaconda3\Scripts" \ribodetector_cpu.exe_main.py", строка 7, в
файле "C:\Users\winst\anaconda3\Lib\site-packages\ribodetector\detect_cpu.py ", строка 748, в основном
seq_pred.detect()
файле "C:\Users\winst\anaconda3\Lib\site-packages\ribodetector\detect_cpu.py", строка 526 , в обнаружении
self.run_with_chunks()
Файл «C:\Users\winst\anaconda3\Lib\site-packages\ribodetector\detect_cpu.py», строка 355, в run_with_chunksp.start()
Файл «C:\Users\winst\anaconda3\Lib\multiprocessing\process.py», строка 121, в start
self._popen = self._Popen(self )
^^^^^^^^^^^^^^^^
Файл "C:\Users\winst\anaconda3\Lib\multiprocessing\context.py", строка 224, в _Popen
return _default_context.get_context().Process._Popen(process_obj)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
Файл "C:\Users\winst\anaconda3\Lib\multiprocessing\context .py", строка 336, в _Popen
return Popen(process_obj)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^
Файл "C:\Users \winst\anaconda3\Lib\multiprocessing\popen_spawn_win32.py", строка 95, в init
reduction.dump(process_obj, to_child)
Файл "C: \Users\winst\anaconda3\Lib\multiprocessing\reduction.py", строка 60, в дампе
ForkingPickler(файл, протокол).dump(obj)
TypeError: невозможно выбрать 'onnxruntime.capi.onnxruntime_pybind11_state Объект .InferenceSession
Traceback (последний вызов последний):
Файл "", строка 1, в
Файл "C:\Users\winst\anaconda3\Lib\multiprocessing\spawn.py ", строка 122, в spawn_main
exitcode = _main(fd,parent_sentinel)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^Файл «C:\Users\winst\anaconda3\Lib\multiprocessing\spawn.py», строка 132, в _main
self = Reduction.pickle.load(from_parent)
^^^^ ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
EOFError: закончились входные данные
Пожалуйста, помогите мне устранить ошибку.
Спасибо
Я попытался изменить использование ЦП равен 1, но по предложению чатгпта это не удалось.
Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/783 ... bodetector
EOFError: закончились входные данные (с использованием рибодетектора) ⇐ Python
-
- Похожие темы
- Ответы
- Просмотры
- Последнее сообщение