Преобразование вывода hmmer --tblout в кадр данных pandas ⇐ Python

[Anonymous]

• Есть ли способ преобразовать выходные данные hmmer в кадр данных pandas?
• Я также не уверен, как загрузить таблицу hmmer tblout в Python через
  модуль Bio.

Я считаю, что вы можете вызвать формат hmmer с помощью SeqIO.parse или SeqIO.search. Формат таблицы отображается через табуляцию, но кажется, что это набор случайных пробелов, что означает, что если я удалю заголовки и # оставлю только информацию таблицы, то будет непросто разделить таблицу с помощью разделителя табуляции.


Небольшой пример файла hmmer --tblout приведен ниже:


# --- full sequence ---- --- best 1 domain ---- --- domain number estimation ----
# target name accession query name accession E-value score bias E-value score bias exp reg clu ov env dom rep inc description of target
#------------------- ---------- -------------------- ---------- --------- ------ ----- --------- ------ ----- --- --- --- --- --- --- --- --- ---------------------
3300000568@Draft_10015026@Draft_1001502652 - Bacteria_NODE_1_length_628658_cov_8.291329_24 - 7.1e-07 29.3 0.0 1.9e-05 24.6 0.0 2.0 1 1 1 2 2 2 2 -
7000000546@SRS019910_WUGC_scaffold_3948@SRS019910_WUGC_scaffold_3948_gene_2890 - Bacteria_NODE_1_length_628658_cov_8.291329_53 - 1.6e-07 31.7 0.0 0.00051 20.3 0.0 2.2 2 0 0 2 2 2 2 -
#
# Program: hmmscan
# Version: 3.1b2 (February 2015)
# Pipeline mode: SCAN
# Query file: ../Exponential_High_Complexity_Simulation.faa
# Target file: final_list.hmm
# Option settings: hmmscan --tblout Exponential_Earth.txt -E 1e-5 --cpu 8 final_list.hmm ../Exponential_High_Complexity_Simulation.faa
# Current dir: /Strong/home/glickmanc/Programs/EarthVirome
# Date: Mon Feb 24 10:47:51 2020
# [ok]


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/620 ... -dataframe