Я запускаю рабочий процесс Atomate2 для вставки лития в мой материал на Bridges2, но VASP вообще не работает. Я использую Atomate0.0.22 в Python3.10, поскольку в версии 0.0.23 были проблемы с Python3.11 и библиотекой pymatgen. Я преодолел длинную череду проблем с модулями, но теперь застрял, потому что у меня есть правильный модуль mkl, но он говорит, что mkl не найден, и VASP вообще не запускается (нет vasprun.xml). Я относительно новичок в вычислительных рабочих процессах, поэтому уверен, что где-то допустил ошибку, но последние несколько дней безуспешно пытался ее исправить. Некоторые способы устранения неполадок, которые я пробовал, и информация о модуле приведены ниже, если это поможет разобраться в проблеме.
Мой код Python:
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/PATH/atomate2/job_2026-01-16-19-08-04-366717-37923/vasprun.xml'
Validation failed: VasprunXMLValidator
2026-01-16 14:08:14,928 INFO relax 0/10 failed with exception:
...
Failed to load vasprun.xml
[snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ module purge
[snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ module load intel/2021.10.0
Lmod Warning: The "intel" and "intelmpi" module names are being split into more granular modules starting with version 2023.2.0 of Intel OneAPI. Components
are now available in separate, correspondingly named modules:
intel-compiler (Intel's modern LLVM-based compilers: icx, icpx, ifx, dpcpp)
intel-icc (Intel's classic compilers: icc, icpc, ifort)
intel-mpi (mpicc, mpicxx, mpiexec, mpirun)
intel-advisor (advisor, advixe-*)
intel-debugger (gdb-oneapi)
intel-inspector (inspxe-*)
intel-vtune (amplxe-*, vtune-*)
intel-ippcp-intel64 (libcrypto_*, libippcp)
etc.
A comprehensive "intel-oneapi" module is also provided to load the full suite.
Please update your scripts to load "intel-compiler", "intel-icc", "intel-mpi", and/or other tools under the new module names instead of "intel" and "intelmpi".
While processing the following module(s):
Module fullname Module Filename
--------------- ---------------
intel/2021.10.0 /opt/modulefiles/production/intel/2021.10.0.lua
[snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ module load mkl/2020.4.304
[snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ module load intel-mpi/2021.10.0
[snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ module load VASP/6.4.1-intel
[snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ ldd $(which vasp_std) | grep "not found"
libmkl_intel_lp64.so.1 => not found
libmkl_intel_thread.so.1 => not found
libmkl_core.so.1 => not found
libmkl_scalapack_lp64.so.1 => not found
libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so.1 => not found
Выше приведены дополнительные не найденные модули libmkl. Я пробовал изменить загруженный модуль на intel-icc, как он предлагает, но это неизвестно и выдает ошибку. Когда я проверяю список модулей, я получаю:
Несколько mkl разных лет, но другой модуль mkl 2023 года загружается автоматически (не могу понять откуда), и, возможно, именно это вызывает проблему? Я почти не могу найти и устранить неполадки.
Буду признателен за любую помощь или советы по устранению неполадок.
Я запускаю рабочий процесс Atomate2 для вставки лития в мой материал на Bridges2, но VASP вообще не работает. Я использую Atomate0.0.22 в Python3.10, поскольку в версии 0.0.23 были проблемы с Python3.11 и библиотекой pymatgen. Я преодолел длинную череду проблем с модулями, но теперь застрял, потому что у меня есть правильный модуль mkl, но он говорит, что mkl не найден, и VASP вообще не запускается (нет vasprun.xml). Я относительно новичок в вычислительных рабочих процессах, поэтому уверен, что где-то допустил ошибку, но последние несколько дней безуспешно пытался ее исправить. Некоторые способы устранения неполадок, которые я пробовал, и информация о модуле приведены ниже, если это поможет разобраться в проблеме. Мой код Python: [code]#!/jet/home/PATH """ Automated Li insertion workflow for MOFs using Atomate2 v0.0.22. """
from pathlib import Path from pymatgen.core import Structure from atomate2.vasp.sets.core import RelaxSetGenerator, StaticSetGenerator from atomate2.vasp.jobs.core import RelaxMaker, StaticMaker from atomate2.vasp.flows.electrode import ElectrodeInsertionMaker from jobflow import run_locally
cif_files = sorted(STRUCTURES_DIR.glob("*.cif")) if not cif_files: print(f"No CIF files found in {STRUCTURES_DIR}. Exiting.") return
for cif_file in cif_files: print(f"Preparing workflow for {cif_file.name}") try: structure = Structure.from_file(cif_file) except Exception as e: print(f"Failed to read {cif_file}: {e}") continue
for ion in IONS_TO_INSERT: insertion_maker = ElectrodeInsertionMaker( relax_maker=relax_maker, static_maker=static_maker, name=f"{ion} insertion: {cif_file.stem}" )
try: flow = insertion_maker.make( structure, inserted_element=ion, n_steps=N_STEPS, insertions_per_step=INSERTIONS_PER_STEP ) if flow is not None: flows.append(flow) else: print(f"Warning: flow is None for {cif_file.name} ({ion})") except Exception as e: print(f"Failed to create workflow for {cif_file.name} ({ion}): {e}")
if not flows: print("No valid workflows created. Exiting.") return
echo "Running Atomate2 workflow..." export JOBFLOW_JOB_DIR_FORMAT="{job.name}" python atomatecode.py [/code] [b]Файл ошибки:[/b] [code]vasp_std: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory [/code] [b]Пути, содержащие отсутствующий файл ошибки:[/b] [code]/opt/packages/oneapi/v2023.2.0/mkl/2023.2.0/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.so /opt/packages/oneapi/v2023.2.0/mkl/2023.2.0/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.so.2 /opt/packages/oneapi/v2023.2.0/intelpython/python3.9/envs/2023.2.0/lib/libmkl_intel_lp64.so /opt/packages/oneapi/v2023.2.0/intelpython/python3.9/envs/2023.2.0/lib/libmkl_intel_lp64.so.2 /opt/packages/oneapi/v2023.2.0/intelpython/python3.9/lib/libmkl_intel_lp64.so /opt/packages/oneapi/v2023.2.0/intelpython/python3.9/lib/libmkl_intel_lp64.so [/code] [b]Фрагмент файла Slurm.out:[/b] [code]FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/PATH/atomate2/job_2026-01-16-19-08-04-366717-37923/vasprun.xml' Validation failed: VasprunXMLValidator 2026-01-16 14:08:14,928 INFO relax 0/10 failed with exception: ... Failed to load vasprun.xml [/code] [b]Проблемы модулей в среде:[/b] [code][snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ module purge [snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ module load intel/2021.10.0 Lmod Warning: The "intel" and "intelmpi" module names are being split into more granular modules starting with version 2023.2.0 of Intel OneAPI. Components are now available in separate, correspondingly named modules:
A comprehensive "intel-oneapi" module is also provided to load the full suite.
Please update your scripts to load "intel-compiler", "intel-icc", "intel-mpi", and/or other tools under the new module names instead of "intel" and "intelmpi".
While processing the following module(s): Module fullname Module Filename --------------- --------------- intel/2021.10.0 /opt/modulefiles/production/intel/2021.10.0.lua
[snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ module load mkl/2020.4.304 [snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ module load intel-mpi/2021.10.0 [snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ module load VASP/6.4.1-intel [snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ ldd $(which vasp_std) | grep "not found" libmkl_intel_lp64.so.1 => not found libmkl_intel_thread.so.1 => not found libmkl_core.so.1 => not found libmkl_scalapack_lp64.so.1 => not found libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so.1 => not found [/code] Выше приведены дополнительные не найденные модули libmkl. Я пробовал изменить загруженный модуль на intel-icc, как он предлагает, но это неизвестно и выдает ошибку. Когда я проверяю список модулей, я получаю: [code][snakaza@bridges2-login012 atomate2]$ module list
Currently Loaded Modules: 1) intel-advisor/2023.2.0 6) intel-compiler/2023.2.1 11) intel-dpct/2023.2.0 16) intel-ipp-intel64/2021.9.0 21) mkl/2020.4.304 2) intel-ccl/2021.10.0 7) intel-dal/2023.2.0 12) intel-dpl/2022.2.0 17) intel-itac/2021.10.0 22) intel-mpi/2021.10.0 3) intel-tbb/2021.10.0 8) intel-debugger/2023.2.0 13) intel-icc/2023.2.1 18) intel-mkl/2023.2.0 23) VASP/6.4.1-intel 4) intel-compiler-rt/2023.2.1 9) intel-dev-utilities/2021.10.0 14) intel-inspector/2023.2.0 19) intel-vtune/2023.2.0 5) intel-oclfpga/2023.2.1 10) intel-dnnl/2023.2.0 15) intel-ippcp-intel64/2021.8.0 20) intel/2021.10.0 [/code] Несколько mkl разных лет, но другой модуль mkl 2023 года загружается автоматически (не могу понять откуда), и, возможно, именно это вызывает проблему? Я почти не могу найти и устранить неполадки. Буду признателен за любую помощь или советы по устранению неполадок.
Мобильная версия