Создание 3D-сетки из Z-стека ROI ⇐ Python

[Anonymous]

У меня есть набор стеков трехмерных меток ROI, хранящихся в виде файлов TIFF, где каждая ROI представляет собой одну ячейку. Я хочу создать поверхностные сетки (я использую тримеши), подходящие для последующего анализа формы.
Я попробовал марширующие кубы:

Код: Выделить всё

from skimage import measure
import trimesh
import numpy as np

mask = labels == lab_id  # binary mask for one ROI
verts, faces, normals, values = measure.marching_cubes(mask.astype(np.float32), level=0.5)
mesh = trimesh.Trimesh(vertices=verts, faces=faces)

но в некоторых сетках отсутствуют поверхности, отверстия или несколько несвязанных «капель». И реконструкция поверхности Пуассона (Open3D), которая неправильно фиксирует формы.
Я также попробовал

Код: Выделить всё

import trimesh
coords = np.argwhere(mask)  # N x 3 points

pc = trimesh.points.PointCloud(coords)

mesh = pc.convex_hull

Но выпуклая оболочка теряет все вогнутости, благодаря чему каждая ячейка выглядит примерно одинаково.
Каков рекомендуемый способ создания красивой и гладкой сетки с закрытым контуром из стека 3D ROI, сохраняя вогнутости и избегая пятен или недостающих поверхностей?
Есть ли в любом из опробованных мной методов определенные параметры, которые помогают создавать более надежные сетки?>

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/798 ... ck-of-rois