Ищем мотивы по порядку. ⇐ Python

[Anonymous]

Я ищу возможный алгоритм для сценария, который будет искать мою длинную последовательность ДНК, определенную в объекте str, для указанных мотивов (более короткие фрагменты ДНК), подсчитывать все результаты (при условии, что моя последовательность имеет несколько идентичных мотивов) и печатать первый номер нуклеотида в последовательности, где мотив был обнаружен.

предполагая, что это определено под каждым объектом, я должен использовать такой поиск в некотором цикле, потому что оба приведенных ниже примера могут найти мотивы только 1 раз. Как правильно указать такой цикл?

#Loading data
seq = open('motif.txt', 'r')
chains=[]
[chains.append(line[:-1]) for line in seq]
Seq,Motif = chains[0], chains[1]
count=0

# Search motif
Seq.find(Motif)

if y == 1:
print "%s has been detected" %(Motif)

if Motif in Seq:
print "%s has been detected" %(Motif)


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/227 ... n-sequence