Команда не найдена для сценария, но работает в командной строке на удаленном HPC [закрыто] ⇐ Linux

[Anonymous]

Я работаю над удаленным HPC, на котором администратором уже установлены модули/программное обеспечение. Почти все там теоретически настроено по принципу «загрузи и работай». Я загрузил модуль для выполнения биоинформатических работ, plink и запустил тест, который работал в командной строке:

Код: Выделить всё

module load plink/2.00a5.8
plink --vcf FILE --make-bed -out OUTFILE --allow-extra-chr

Мне нужно преобразовать много файлов, поэтому я настроил его как цикл в сценарии bash (также попробовал сценарий оболочки на случай, если это была проблема), но получил ошибку: plink: команда не найдена
Из некоторых первоначальных поисков в Интернете показалось, что что-то не так с тем, как plink был установлен или сохранен, или с тем, правильно ли он был в PATH.
Когда я запускаю echo $PATH, я получить:

Код: Выделить всё

/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v3/Core/plink/2.00-20231024-avx2:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v3/Core/mii/1.1.2/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v3/Core/flexiblascore/3.3.1/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcc12/openmpi/4.1.5/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/ucc/1.2.0/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/pmix/4.2.4/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/libfabric/1.18.0/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/ucx/1.14.1/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/hwloc/2.9.1/sbin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/hwloc/2.9.1/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/gentoo/2023/x86-64-v3/usr/x86_64-pc-linux-gnu/gcc-bin/12:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/gentoo/2023/x86-64-v3/usr/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/bin/computecanada:/opt/software/bin:/opt/software/slurm/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/puppetlabs/bin:/home/kdrotos/.local/bin:/home/kdrotos/bin

Код: Выделить всё

modinfo plink

производит:

Код: Выделить всё

modinfo: ERROR: Module plink not found.

Самое запутанное, что plink дает следующее:

Код: Выделить всё

/usr/bin/which: no plink in (/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v3/Core/plink/2.00-20231024-avx2:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v3/Core/mii/1.1.2/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v3/Core/flexiblascore/3.3.1/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcc12/openmpi/4.1.5/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/ucc/1.2.0/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/pmix/4.2.4/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/libfabric/1.18.0/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/ucx/1.14.1/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/hwloc/2.9.1/sbin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/hwloc/2.9.1/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/gentoo/2023/x86-64-v3/usr/x86_64-pc-linux-gnu/gcc-bin/12:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/gentoo/2023/x86-64-v3/usr/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/bin/computecanada:/opt/software/bin:/opt/software/slurm/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/puppetlabs/bin:/home/kdrotos/.local/bin:/home/kdrotos/bin)

Мои вопросы:

• Что я делаю не так? Требует ли plink дополнительных настроек?
• Почему он работает в командной строке, а не в скрипте?
• Почему после загрузки модуля plink не возникает ошибок, когда так много команд найти его не могут? (Или я неправильно ищу?)

Спасибо!
РЕДАКТИРОВАТЬ: включая корректный вывод plink в командной строке

Код: Выделить всё

[kdrotos@login1 slim2_ADM_fS_inputs]$ plink --vcf 1000_slim2.vcf --make-bed -out TEST1000 --allow-extra-chr
[mii] loading StdEnv/2020 plink/1.9b_6.21-x86_64 ...

Due to MODULEPATH changes, the following have been reloaded:
1) mii/1.1.2

The following have been reloaded with a version change:
1) StdEnv/2023 => StdEnv/2020             4) gcccore/.12.3 => gcccore/.9.3.0          7) openmpi/4.1.5 => openmpi/4.0.3
2) flexiblas/3.3.1 => flexiblas/3.0.4     5) gentoo/2023 => gentoo/2020               8) plink/2.00-20231024-avx2 => plink/1.9b_6.21-x86_64
3) gcc/12.3 => gcc/9.3.0                  6) libfabric/1.18.0 => libfabric/1.10.1     9) ucx/1.14.1 =>  ucx/1.8.0

PLINK v1.90b6.21 64-bit (19 Oct 2020)          www.cog-genomics.org/plink/1.9/
(C) 2005-2020 Shaun Purcell, Christopher Chang   GNU General Public License v3
Logging to TEST1000.log.
Options in effect:
--allow-extra-chr
--make-bed
--out TEST1000
--vcf 1000_slim2.vcf

386540 MB RAM detected; reserving 193270 MB for main workspace.
--vcf: TEST1000-temporary.bed + TEST1000-temporary.bim + TEST1000-temporary.fam
written.
1150 variants loaded from .bim file.
1000 people (0 males, 0 females, 1000 ambiguous) loaded from .fam.
Ambiguous sex IDs written to TEST1000.nosex .
Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked).
Before main variant filters, 1000 founders and 0 nonfounders present.
Calculating allele frequencies... done.
Total genotyping rate is 0.999966.
1150 variants and 1000 people pass filters and QC.
Note: No phenotypes present.
--make-bed to TEST1000.bed + TEST1000.bim + TEST1000.fam ... done.

EDIT 2
Пример командной строки (которая работает), за которой сразу следует тип.

Код: Выделить всё

[kdrotos@login1 slim2_ADM_fS_inputs]$ plink --vcf 1000_slim2.vcf --make-bed -out TEST1000 --allow-extra-chr
[mii] loading StdEnv/2020 plink/1.9b_6.21-x86_64 ...

Due to MODULEPATH changes, the following have been reloaded:
1) mii/1.1.2

The following have been reloaded with a version change:
1) StdEnv/2023 => StdEnv/2020             4) gcccore/.12.3 => gcccore/.9.3.0          7) openmpi/4.1.5 => openmpi/4.0.3
2) flexiblas/3.3.1 => flexiblas/3.0.4     5) gentoo/2023 => gentoo/2020               8) plink/2.00-20231024-avx2 => plink/1.9b_6.21-x86_64
3) gcc/12.3 => gcc/9.3.0                  6) libfabric/1.18.0 => libfabric/1.10.1     9) ucx/1.14.1 => ucx/1.8.0

PLINK v1.90b6.21 64-bit (19 Oct 2020)          www.cog-genomics.org/plink/1.9/
(C) 2005-2020 Shaun Purcell, Christopher Chang   GNU General Public License v3
Logging to TEST1000.log.
Options in effect:
--allow-extra-chr
--make-bed
--out TEST1000
--vcf 1000_slim2.vcf

386540 MB RAM detected; reserving 193270 MB for main workspace.
--vcf: TEST1000-temporary.bed + TEST1000-temporary.bim + TEST1000-temporary.fam
written.
1150 variants loaded from .bim file.
1000 people (0 males, 0 females, 1000 ambiguous) loaded from .fam.
Ambiguous sex IDs written to TEST1000.nosex .
Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked).
Before main variant filters, 1000 founders and 0 nonfounders present.
Calculating allele frequencies... done.
Total genotyping rate is 0.999966.
1150 variants and 1000 people pass filters and QC.
Note: No phenotypes present.
--make-bed to TEST1000.bed + TEST1000.bim + TEST1000.fam ... done.
[kdrotos@login1 slim2_ADM_fS_inputs]$ type -a plink
-bash: type: plink: not found

Вот сценарий, который я использовал:

Код: Выделить всё

#!/bin/sh

## This script is for converting .vcf files to .bed/.bim/.fam using plink

#SBATCH --account=def-emandevi
#SBATCH --time=0-01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --mem=1000
#SBATCH --ntasks-per-node=1

#module load StdEnv/2023
#module load plink/2.00a5.8

plink --vcf 1000_slim2.vcf --make-bed --out 1000test --allow-extra-chr

Я запускаю сценарий через sbatch VCF_to_bed.
Как предполагалось в некоторых первоначальных комментариях, мне интересно, не является ли проблема несоответствием между узлом входа и вычислительным узлом, куда отправляется задание.>

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/798 ... remote-hpc