Команда для сценария не найдена, но работает в командной строке на удаленном HPC. ⇐ Linux

[Anonymous]

Я работаю над удаленным HPC, на котором администратором уже установлены модули/программное обеспечение. Почти все там теоретически настроено по принципу «загрузи и работай». Я загрузил модуль для выполнения биоинформатических работ, plink и запустил тест, который работал в командной строке:

Код: Выделить всё

module load plink/2.00a5.8
plink --vcf FILE --make-bed -out OUTFILE --allow-extra-chr

Мне нужно преобразовать много файлов, поэтому я настроил его как цикл в сценарии bash (также попробовал сценарий оболочки на случай, если это была проблема), но получил ошибку: plink: команда не найдена
Из некоторых первоначальных поисков в Интернете показалось, что что-то не так с тем, как plink был установлен или сохранен, или с тем, правильно ли он был в PATH.
Когда я запускаю echo $PATH, я получить:

Код: Выделить всё

/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v3/Core/plink/2.00-20231024-avx2:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v3/Core/mii/1.1.2/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v3/Core/flexiblascore/3.3.1/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcc12/openmpi/4.1.5/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/ucc/1.2.0/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/pmix/4.2.4/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/libfabric/1.18.0/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/ucx/1.14.1/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/hwloc/2.9.1/sbin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/hwloc/2.9.1/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/gentoo/2023/x86-64-v3/usr/x86_64-pc-linux-gnu/gcc-bin/12:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/gentoo/2023/x86-64-v3/usr/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/bin/computecanada:/opt/software/bin:/opt/software/slurm/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/puppetlabs/bin:/home/kdrotos/.local/bin:/home/kdrotos/bin

Код: Выделить всё

modinfo plink

производит:

Код: Выделить всё

modinfo: ERROR: Module plink not found.

Самое запутанное, что plink дает следующее:

Код: Выделить всё

/usr/bin/which: no plink in (/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v3/Core/plink/2.00-20231024-avx2:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v3/Core/mii/1.1.2/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v3/Core/flexiblascore/3.3.1/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcc12/openmpi/4.1.5/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/ucc/1.2.0/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/pmix/4.2.4/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/libfabric/1.18.0/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/ucx/1.14.1/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/hwloc/2.9.1/sbin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2023/x86-64-v4/Compiler/gcccore/hwloc/2.9.1/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/gentoo/2023/x86-64-v3/usr/x86_64-pc-linux-gnu/gcc-bin/12:/cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/gentoo/2023/x86-64-v3/usr/bin:/cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/bin/computecanada:/opt/software/bin:/opt/software/slurm/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/puppetlabs/bin:/home/kdrotos/.local/bin:/home/kdrotos/bin)

Мои вопросы:

• Что я делаю не так? Требует ли plink дополнительных настроек?
• Почему он работает в командной строке, а не в скрипте?
• Почему после загрузки модуля plink не возникает ошибок, когда так много команд найти его не могут? (Или я неправильно ищу?)

Спасибо!

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/798 ... remote-hpc