Я создаю одношаговый алгоритм выравнивания с упреждением в контексте выравнивания белков.
Сейчас я реализую вариант с затравкой, начальные значения также предоставляются функции, в которой пробелы удаляются и сравниваются с последовательностями, чтобы убедиться, что начальные числа являются префиксами последовательностей, подлежащих выравниванию. Затем выравнивание начинается после окончания совпадения начального числа.
Принято ли включать оценки совпадения начальных чисел в общий показатель выравнивания, поскольку мои выходные данные почти всегда говорят, что начальное выравнивание имеет более низкий балл, чем простое, что, как я полагаю, вызвано отсутствием показателя выравнивания начального числа в общем показателе выравнивания.
Будьте благодарны за любые указания и улучшения, если я допустил какую-то ошибку в своем понимании. выше
Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/798 ... algorithms
