Я попробовал добавить аргумент настройки fit_type=2 перед запуском ODR, что, как я понимаю, заставляет scipy использовать линейную регрессию, аналогичную numpy.polyfit; это не изменило результата. Моя проблема может быть связана с этим сообщением: 78522990, но, к сожалению, в настоящее время у нее нет решения, поговорим только о версиях numpy и scipy.
Вот пример, который демонстрирует разницу в выводе ODR, когда sy включен/исключен (связанные объекты ODR называются «шумными» и «чистыми» соответственно):
if __name__ == "__main__":
import scipy
import numpy as np
import pandas as pd
print(f"scipy version: {scipy.__version__}")
print(f"numpy version: {np.__version__}")
print(f"pandas version: {pd.__version__}")
print("")
np.random.seed(10)
pd.options.display.float_format = '{:,.4f}'.format
def fit_func(beta, x):
y = beta[0] + beta[1]*np.exp(-1 * beta[2] * x)
return y
# initial guess of parameters
beta0 = (1.00, 85.0, 0.02)
# actual parameters unknown to us but close to beta0
beta = (np.abs(np.random.normal(beta0[0], 2.000)),
np.abs(np.random.normal(beta0[1], 5.000)),
np.abs(np.random.normal(beta0[2], 0.004)),
)
# noiseless data
x = np.linspace(10, 90, 81)
y = fit_func(beta, x)
# simulate discrepancy
dx = np.random.normal(0, 0.2, len(x))
dy = np.random.normal(0, 1.0, len(y))
# add discrepancy
x += dx
y += dy
# estimate uncertainty
sx = 0.5 + np.abs(dx)
sy = 1.4 + np.abs(dy)
# ODR with 'sy'
odr_noisy = scipy.odr.ODR(
data=scipy.odr.RealData(x, y, sx, sy),
model=scipy.odr.Model(fit_func),
beta0=beta0,
)
output_noisy = odr_noisy.run()
print(f"ODR_NOISY: {output_noisy.stopreason}")
# ODR without 'sy'
odr_clean = scipy.odr.ODR(
data=scipy.odr.RealData(x, y, sx, None),
model=scipy.odr.Model(fit_func),
beta0=beta0,
)
output_clean = odr_clean.run()
print(f"ODR_CLEAN: {output_clean.stopreason}")
# compare results
results = {"initial": beta0,
"ODR noisy": output_noisy.beta,
"ODR clean": output_clean.beta,
"actual": beta,
}
table = pd.DataFrame(results).transpose()
table.columns = ["beta[0]", "beta[1]", "beta[2]"]
print(f"\n{table}")
и вывод:
scipy version: 1.16.2
numpy version: 2.3.3
pandas version: 2.3.3
ODR_NOISY: ['Problem is not full rank at solution', 'Sum of squares convergence']
ODR_CLEAN: ['Sum of squares convergence']
beta[0] beta[1] beta[2]
initial 1.0000 85.0000 0.0200
ODR noisy 1.0000 85.0000 0.0200
ODR clean 0.7697 90.5035 0.0129
actual 3.6632 88.5764 0.0138
Я также создал график (код не предоставлен, но это просто pyplot с дополнительными шагами), чтобы визуализировать эту проблему:
########################################################################################
ОБНОВЛЕНИЕ: дополнительная информация запрашивается в комментариях
- Windows 11 Pro для рабочих станций, сборка ОС 26200.6899
- scipy установлен с помощью miniforge/mamba (conda под капотом, если я правильно понимаю)
- Вывод предоставленного кода выглядит следующим образом:
Build Dependencies:
blas:
detection method: pkgconfig
found: true
include directory: C:/Users/nukamoi/AppData/Local/miniforge3/envs/pyvt/Library/include
lib directory: C:/Users/nukamoi/AppData/Local/miniforge3/envs/pyvt/Library/lib
name: mkl-sdl
openblas configuration: unknown
pc file directory: C:\miniconda3\conda-bld\scipy_1759489068917\_h_env\Library\lib\pkgconfig
version: '2025'
lapack:
detection method: pkgconfig
found: true
include directory: C:/Users/nukamoi/AppData/Local/miniforge3/envs/pyvt/Library/include
lib directory: C:/Users/nukamoi/AppData/Local/miniforge3/envs/pyvt/Library/lib
name: mkl-sdl
openblas configuration: unknown
pc file directory: C:\miniconda3\conda-bld\scipy_1759489068917\_h_env\Library\lib\pkgconfig
version: '2025'
pybind11:
detection method: pkgconfig
include directory: C:/Users/nukamoi/AppData/Local/miniforge3/envs/pyvt/Library/include
name: pybind11
version: 2.13.6
Compilers:
c:
args: -IC:\miniconda3\conda-bld\scipy_1759489068917\work\scipy\linalg, -IC:\miniconda3\conda-bld\scipy_1759489068917\work\scipy\_lib
commands: clang-cl.exe
linker: lld-link
name: clang-cl
version: 20.1.8
c++:
commands: clang-cl.exe
linker: lld-link
name: clang-cl
version: 20.1.8
cython:
commands: cython
linker: cython
name: cython
version: 3.1.4
fortran:
commands: ifort
linker: xilink
name: intel-cl
version: 2021.6.0
pythran:
include directory: ..\..\_h_env\Lib\site-packages\pythran
version: 0.18.0
Machine Information:
build:
cpu: x86_64
endian: little
family: x86_64
system: windows
cross-compiled: false
host:
cpu: x86_64
endian: little
family: x86_64
system: windows
Python Information:
path: C:\miniconda3\conda-bld\scipy_1759489068917\_h_env\python.exe
version: '3.13'
Build Dependencies:
blas:
detection method: pkgconfig
found: true
include directory: C:/Users/nukamoi/AppData/Local/miniforge3/envs/pyvt/Library/include
lib directory: C:/Users/nukamoi/AppData/Local/miniforge3/envs/pyvt/Library/lib
name: mkl-sdl
openblas configuration: unknown
pc file directory: C:\miniconda3\conda-bld\numpy_and_numpy_base_1757670256083\_h_env\Library\lib\pkgconfig
version: '2025'
lapack:
detection method: pkgconfig
found: true
include directory: C:/Users/nukamoi/AppData/Local/miniforge3/envs/pyvt/Library/include
lib directory: C:/Users/nukamoi/AppData/Local/miniforge3/envs/pyvt/Library/lib
name: mkl-sdl
openblas configuration: unknown
pc file directory: C:\miniconda3\conda-bld\numpy_and_numpy_base_1757670256083\_h_env\Library\lib\pkgconfig
version: '2025'
Compilers:
c:
commands: cl.exe
linker: link
name: msvc
version: 19.29.30159
c++:
commands: cl.exe
linker: link
name: msvc
version: 19.29.30159
cython:
commands: cython
linker: cython
name: cython
version: 3.1.3
Machine Information:
build:
cpu: x86_64
endian: little
family: x86_64
system: windows
host:
cpu: x86_64
endian: little
family: x86_64
system: windows
Python Information:
path: C:\miniconda3\conda-bld\numpy_and_numpy_base_1757670256083\_h_env\python.exe
version: '3.13'
SIMD Extensions:
baseline:
- SSE
- SSE2
- SSE3
found:
- SSSE3
- SSE41
- POPCNT
- SSE42
- AVX
- F16C
Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/797 ... -rank-at-s
