Conda Activate возвращает Condaerror с контейнером -аптельоном (Singularity)Linux

Ответить Пред. темаСлед. тема
Anonymous
 Conda Activate возвращает Condaerror с контейнером -аптельоном (Singularity)

Сообщение Anonymous »

Я попытался создать и активировать среду Conda TMP_ENV внутри контейнера -аптельер. Файл .sif был создан следующим образом:
Я создал my_container.def
Bootstrap: docker
From: ubuntu:22.04

%post
apt-get -y update
apt-get -y upgrade
apt-get install -y build-essential \
less man vim bzip2 curl wget git ca-certificates iputils-ping net-tools locales

# timezone
export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
export TZ=Asia/Tokyo
apt-get install -y tzdata
ln -fs /usr/share/zoneinfo/$TZ /etc/localtime
dpkg-reconfigure --frontend noninteractive tzdata

apt-get -y clean
rm -rf /var/lib/apt/lists/*

locale-gen en_US.UTF-8
update-locale LANG=en_US.UTF-8

# PS1
echo "export PS1=\"\[\e[0;32m\]Apptainer|\W> \[\e[m\]\"" >> /opt/init.sh

# Install Miniforge
wget https://github.com/conda-forge/miniforg ... -x86_64.sh
/bin/sh Miniforge3-Linux-x86_64.sh -bfp /opt/miniforge3
rm Miniforge3-Linux-x86_64.sh

/opt/miniforge3/bin/conda shell.bash hook > /opt/miniforge3/conda_init.sh
. /opt/miniforge3/conda_init.sh

echo ". /opt/miniforge3/conda_init.sh" >> /opt/init.sh

conda update -y -n base -c defaults conda

conda create -n tmp_env -y
conda activate tmp_env
conda install python -y

%runscript
echo "Hello, Ubuntu. from runscript"

%startscript
echo "Hello, Ubuntu. from startscript"

%environment
. /opt/init.sh


созданный sif
apptainer build my_container.sif my_container.def
< /code>
и ввел Aplainer Shell < /p>
apptainer shell my_container.sif

Было две Envs, и казалось, что базовый env был активен
(base) Apptainer|~> conda env list

# conda environments:
#
base * /opt/miniforge3
tmp_env /opt/miniforge3/envs/tmp_env

(base) Apptainer|~> which python
/opt/miniforge3/bin/python
< /code>
Я попытался активировать другую Env и получил кондоратор: < /p>
(base) Apptainer|~> conda activate tmp_env
CondaError: Run 'conda init' before 'conda activate'
< /code>
Это было решено путем ручного запуска < /p>
(base) Apptainer|~> eval "$(/opt/miniforge3/bin/conda shell.bash hook)"
(base) Apptainer|~> conda activate tmp_env
(tmp_env) Apptainer|~>

После входа в оболочку.
Таким образом, я вставил этот блок в /пт/init.sh или/среда в надежде вступить в силу при входе в оболочку, которая не решила проблему. Можно ли автоматически избегать кондорера?host: WSL version 2.5.9.0

$ cat /etc/os-release
PRETTY_NAME="Debian GNU/Linux 12 (bookworm)"

$ apptainer --version
apptainer version 1.3.6


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/796 ... -container
Реклама
Ответить Пред. темаСлед. тема

Быстрый ответ

Изменение регистра текста: 
Смайлики
:) :( :oops: :roll: :wink: :muza: :clever: :sorry: :angel: :read: *x)
Ещё смайлики…
   
К этому ответу прикреплено по крайней мере одно вложение.

Если вы не хотите добавлять вложения, оставьте поля пустыми.

Максимально разрешённый размер вложения: 15 МБ.

  • Похожие темы
    Ответы
    Просмотры
    Последнее сообщение
  • Как устранить ошибку CondaError: запустите «conda init» перед «conda active»
    Anonymous » » в форуме Python
    0 Ответы
    110 Просмотры
    Последнее сообщение Anonymous
  • Связь между контейнером Testcontainers.net и контейнером SQL Server
    Anonymous » » в форуме C#
    0 Ответы
    24 Просмотры
    Последнее сообщение Anonymous
  • Неизвестный разрыв между контейнером заголовка и основным контейнером содержимого
    Anonymous » » в форуме CSS
    0 Ответы
    0 Просмотры
    Последнее сообщение Anonymous
  • Conda Activate Venv не работает на Vscode
    Anonymous » » в форуме Python
    0 Ответы
    4 Просмотры
    Последнее сообщение Anonymous
  • Python — раздел [tool.poetry] не найден в pyproject.toml при сборке контейнера Singularity
    Anonymous » » в форуме Python
    0 Ответы
    42 Просмотры
    Последнее сообщение Anonymous

Вернуться в «Linux»