Как автоматически разрешать зависимости «модулы среды». ⇐ Linux

[Anonymous]

У меня есть несколько файлов sbatch, которые используют модуль загрузку , чтобы получить доступ к требуемой программе. Причина заключается в том, что зависимости от программы, которую я пытался использовать, были изменены с помощью IT ... < /p>
Я искал документацию по модулям окружающей среды для автоматического разрешения зависимостей, но я не нашел ничего полезного. Поэтому я подумываю проанализировать вывод модуля нагрузки и определить программные зависимости.$ module load pharokka
error: pharokka requires module(s) < PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler > to be loaded first

Loading pharokka/1.7.5
ERROR: Module evaluation aborted
< /code>
$ module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
error: tRNAscan-SE requires module(s) < infernal > to be loaded first

Loading tRNAscan-SE/2.0.12
ERROR: Module evaluation aborted
< /code>
$ module load infernal
$ module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
error: minced requires module(s) < graalvm/ce-java11-20.0.0 > to be loaded first

Loading minced/0.4.2
ERROR: Module evaluation aborted
< /code>
$ module load graalvm/ce-java11-20.0.0
$ module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
$ module load pharokka
< /code>
Как я могу автоматизировать все это в Bash?module --version:
Modules Release 4.4.0 (2019-11-17)
< /code>
pharokka/1.7.5:
#%Module #########
set is_module_rm [module-info mode remove]

#---- whatis is used by module apropos
module-whatis "Set environnement for pharokka (1.7.5)"
module-whatis "topic_0080"
module-whatis "topic_3174"
module-whatis "topic_0160"
module-whatis "topic_0769"
module-whatis "topic_0659"
module-whatis "operation_3672"
module-whatis "operation_3482"
module-whatis "operation_0464"
module-whatis "operation_0335"
module-whatis "operation_0310"

#---- module help message
proc ModulesHelp { } {
puts stderr "This modulefile defines the requisite environement"
puts stderr "needed to use package: pharokka version (1.7.5)"
puts stderr ""
puts stderr "pharokka is designed for rapid standardised annotation of bacteriophages."
puts stderr "URL: https://github.com/gbouras13/pharokka"
puts stderr ""
puts stderr "WARNING: pharokka requires module(s) < PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler >. to be loaded first"
puts stderr ""
## is there any program to document.
puts stderr "package provides following commands:"
puts stderr "\tcreate_custom_hmm.py"
puts stderr "\tinstall_databases.py"
puts stderr "\tpharokka.py"
puts stderr "\tpharokka_multiplotter.py"
puts stderr "\tpharokka_plotter.py"
puts stderr "\tpharokka_proteins.py"
puts stderr ""
}

#---- hack for auto-loading module based on AUTOLOADMODULE env var
if {[info exists env(AUTOLOADMODULE)]} {
module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
}
#---- check for prereq modules
if { [ module-info mode load ] && ! ( [ is-loaded "PHANOTATE/1.5.0" ] && [ is-loaded "MMseqs2/13-45111" ] && [ is-loaded "tRNAscan-SE/2.0.12" ] && [ is-loaded "minced/0.4.2" ] && [ is-loaded "aragorn/1.2.41" ] && [ is-loaded "Mash" ] && [ is-loaded "dnaapler" ] )} {
puts stderr "error: pharokka requires module(s) < PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler > to be loaded first"
exit
}

#---- set PATHs.
prepend-path PATH /opt/.../pharokka/1.7.5/bin
prepend-path PATH /opt/.../pharokka/1.7.5/scripts


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/796 ... omatically