Как автоматически разрешать зависимости «модулы среды». ⇐ Linux

[Anonymous]

У меня есть несколько файлов sbatch, которые используют модуль загрузку , чтобы получить доступ к требуемой программе. Причина заключается в том, что зависимости от программы, которую я пытался использовать, были изменены с помощью IT ... < /p>
Я искал документацию по модулям окружающей среды для автоматического разрешения зависимостей, но я не нашел ничего полезного. Поэтому я подумываю проанализировать вывод модуля нагрузки и определить программные зависимости.

Код: Выделить всё

$ module load pharokka
error: pharokka requires module(s) < PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler > to be loaded first

Loading pharokka/1.7.5
ERROR: Module evaluation aborted
< /code>
$ module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
error: tRNAscan-SE requires module(s) < infernal > to be loaded first

Loading tRNAscan-SE/2.0.12
ERROR: Module evaluation aborted
< /code>
$ module load infernal
$ module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
error: minced requires module(s) < graalvm/ce-java11-20.0.0 > to be loaded first

Loading minced/0.4.2
ERROR: Module evaluation aborted
< /code>
$ module load graalvm/ce-java11-20.0.0
$ module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
$ module load pharokka

Как я могу автоматизировать все это в Bash?


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/796 ... omatically