Генерация глобальной байесовской подгонки и локальная подгонка для эксперимента BLI ⇐ Python

[Anonymous]

Я пытаюсь получить глобальную байесовскую форму и локальную подгону для необработанной кривой данных биологической интерферометрии (BLI). Если они связывают, то биомолекула B будет связываться с иммобилизованной биомолекулой А на датчике. Это может быть измерено (ответ, ось Y) с течением времени (ось x) и позволяет определить аффинность связывания между ними. Полученный график необработанных данных показан ниже. Binding of A to the tip is the first plateau (green), binding of B to A is the second plateau (orange), followed by dissociation of B from A.


In a real experiment, this is done for multiple Концентрации B, в результате чего несколько строк на одном и том же графике.
Этот ресурс (https://derpaule.github.io/ty1_octet_itc/ [анализ данных OCT и ITC TY1: RBD взаимодействие]))) дает широкий анализ анализа необработанных данных. Здесь показаны две подходящие линии в дополнение к каждой необработанной линии данных, называемой Global Bayesian Fit (Black) и Local Fit (Grey). Из того, что я понимаю, они генерируются в MATLAB/через программное обеспечение под названием EvilFit.

my hearti Данные, исключительно использующие R. Я невероятно новичок в R, поэтому было бы оценено наиболее экономное решение для кодирования.

Код: Выделить всё

mydata 
[list]
[*] Участок < /li>
< /ul>
ggplot(mydata, aes(x = time_x, y = response5_y, group = conc_B, color = conc_B)) +

geom_line(size = 1)+

geom_vline(xintercept = 3.9, linetype = "solid", color = "grey50", linewidth = 1.2)+

geom_smooth(method = "loess", se = FALSE,
color = "black", size = 1, linetype = "dashed")+

scale_color_manual(values = c("sienna1"),
breaks = c(5),
labels = c(5)
)+

labs(x = "Time [s]",
y = "Wavelength shift [nm]",
color = "B concentration [nM]")+

theme_bw()+
theme(
axis.line.x.bottom = element_line(size = 1.5, color = 'black'),
axis.line.y.left   = element_line(size = 1.5, color = 'black'),

panel.grid.minor.x = element_blank(),
panel.border       = element_blank(),

axis.title.x = element_text(size = 29.5, vjust = -0.1),
axis.title.y.left = element_text(size = 29.5, vjust = 2.5),

axis.text.x.bottom= element_text(color = "black", size = 23),
axis.text.y.left = element_text(color = "black", size = 23),

axis.ticks.x.bottom = element_line(linewidth=1.6, color = "black", unit(4, "pt")),
axis.ticks.length.x.bottom = unit(0.18, "cm"),
axis.ticks.y.left = element_line(linewidth=1.6, color = "black", unit(4, "pt")),
axis.ticks.length.y.left = unit(0.18, "cm"),

legend.title = element_text(size = 24.5),
legend.text = element_text(size = 24.5),
legend.key.size = unit(0.7, "cm"),

plot.margin = margin(18,11,11,10, "points")
)+

guides(color = guide_legend(
override.aes = list(linewidth = 2),
reverse = TRUE)
)

Этот код создает этот пример график
[/list]

i ase geom_s empor loess , но я не уверен, соответствует ли это глобальной байесовской подгонке, локальной подгонке или ни один.

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/796 ... experiment