Как сделать xarray.dataarray.to_zarr Readable от Napari?Python

Программы на Python
Ответить Пред. темаСлед. тема
Anonymous
 Как сделать xarray.dataarray.to_zarr Readable от Napari?

Сообщение Anonymous »

У меня есть большие марифы, которые я хочу сохранить с Ксарреем и просмотреть в Напари. Тем не менее, Напари, кажется, не может прочитать Zarr-формат, произведенный Ксарреем. Есть ли способ, которым я могу указать аргументы xarray.dataarray.to_zarr, чтобы сделать его читаемым на Napari? Используйте Xarray. < /p>
Минимальный воспроизводимый пример: < /p>

Код: Выделить всё

import os
import numpy as np
import xarray as xa

arr = np.random.randint(0, 2**16-1, size=(100, 400, 400))
coords = {'z': np.arange(0, 100), 'y': np.arange(0, 400), 'x': np.arange(0, 400)}
da = xa.DataArray(arr, dims=['z', 'y', 'x'], coords=coords)
dir_save = os.getcwd()
path_save = os.path.join(dir_save, 'test.zarr')
da.to_zarr(path_save)
Traceback ошибки, которую я получаю, когда перетаскиваю ее в Намарни, длиннее допустимой длины постов, но, возможно, эта часть-подсказка?

file
c:1: программадатааноконда 3\ enpars\napari_env\lib\site-packages\napari\ layers\image_image_utils.py:94,
ingultiscale (data = [dask.array ,
dask.array, dask.array ,
dask.array]))
93, если не согласован:
---> 94 reagy valueError (
trans =
sizes = [16000000, 400, 400, 100]
95 Trans ._ (
96 'Входные данные должны быть массив, похожий на массив, или последовательность массивов уменьшающегося размера. Получил массивы в неправильном порядке,
размеры: {размеры} ',
97 deferred = true,
98 размер = размеры,
99)
100)
102 Вернуть True, MultiscalEdata (data) < /p>
valueError: входные данные должны быть массивным объектом или последовательности
массивов уменьшение размера. Получите массивы в неправильном порядке, размеры:
[16000000, 400, 400, 100] < /p>
< /blockquote>
Версии пакета: < /p>

[*] conda-forge napari 0.5.5 hd8ed1ab_0 < /li>
conda-forge-base base 0.5.5 pyh9208f05_0
[*] conda-forge napari-console 0.1.3 pyh73487a3_0
[*] conda-forge napari-plugin-ingine 0.2.0 pyha07c04f_3 conda-forge napari-plugin-manager 0,1,4 pyha07c04f_0 < /li>
conda-forge napari-svg 0.2.1 pyha07c04f_0 < /li>
conda-forge xarray 2025.1.1 pyhd8ed1ab_0 < /li>
/уль>

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/794 ... -by-napari
Реклама
Ответить Пред. темаСлед. тема

Быстрый ответ

Изменение регистра текста: 
Смайлики
:) :( :oops: :roll: :wink: :muza: :clever: :sorry: :angel: :read: *x)
Ещё смайлики…
   
К этому ответу прикреплено по крайней мере одно вложение.

Если вы не хотите добавлять вложения, оставьте поля пустыми.

Максимально разрешённый размер вложения: 15 МБ.

  • Похожие темы
    Ответы
    Просмотры
    Последнее сообщение

Вернуться в «Python»