SnakeMake - файлы в качестве ввода/вывода с временной меткой ⇐ Python

[Anonymous]

Я пытаюсь настроить змеиный фон (Snakemake 7.19.1). Окончательный вывод должен содержать временную метку. Это минимальный пример: < /p>

Код: Выделить всё

#!/bin/python
print('import packages')

from datetime import datetime
import time

now = datetime.now().strftime("%Y-%m-%d_%H-%M-%S")
tarfile = now + '_stardist.tar'
print(tarfile)

rule all:
input: {tarfile}

rule main_rule:
input:
output: {tarfile}
run:
shell('touch ' + output[0])

Если я запускаю этот Snakefile с Snakemake -s Snakefile -cores 1 Я получаю следующий вывод, в результате чего сообщение об ошибке:

Код: Выделить всё

import packages
2025-02-04_11-33-38_stardist.tar
Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cores: 1 (use --cores to define parallelism)
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job stats:
job          count    min threads    max threads
---------  -------  -------------  -------------
all              1              1              1
main_rule        1              1              1
total            2              1              1

Select jobs to execute...

[Tue Feb  4 11:33:38 2025]
rule main_rule:
output: 2025-02-04_11-33-38_stardist.tar
jobid: 1
reason: Missing output files: 2025-02-04_11-33-38_stardist.tar
resources: tmpdir=/tmp

import packages
2025-02-04_11-33-39_stardist.tar
Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cores: 1 (use --cores to define parallelism)
Rules claiming more threads will be scaled down.
Select jobs to execute...
Waiting at most 5 seconds for missing files.
MissingOutputException in rule main_rule in file /lustre/projects/xxx/test_timestamp_minimal/snakefile, line 14:
Job 1  completed successfully, but some output files are missing. Missing files after 5 seconds. This might be due to filesystem latency. If that is the case, consider to increase the wait time with --latency-wait:
2025-02-04_11-33-38_stardist.tar
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
Complete log: .snakemake/log/2025-02-04T113338.450326.snakemake.log

, поскольку теперь это имя Tarfile создается дважды, а файл, который наконец -то создается, не имеет такой же метки времени, как файл, который ожидается как выход.
Кто -нибудь может помочь?

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/794 ... -timestamp