Команда Bash для поиска определенных папок в каталогах и подкаталогах и их использования в Linux ⇐ Linux

[Anonymous]

Мне нужен код для моего сценария bash, который ищет в каталоге «rawdata» все подкаталоги первого уровня, имена которых начинаются с AB. Из всех найденных каталогов он должен искать только одну папку с именем «demo» в своем подкаталоге (опять же подкаталог первого уровня). Далее во всех подкаталогах первого уровня, имена которых являются только числами, он должен найти в своем подкаталоге первого уровня единственный файл, заканчивающийся на Filename.gz. (первая строка моего кода)

После этого все эти файлы Filename.gz печатаются два раза, второй раз с измененным именем (строки 2–4).

После этого я вызываю инструмент umi Tools, который работает с найденными файлами Filename.gz и сохраняет измененные файлы в каталоге «umi» с тем же именем, что и раньше, плюс «_umi.fq» в качестве окончания. (строки с 5 по 9)

Я написал следующий код:

для f в rawdata/AB*/demo/*/*_Filename.gz; делать эхо $f name=$(echo $f | xargs -n 1 базовое имя | Cut -f 1 -d ".") эхо ${имя} umi_tools Extract --extract-method=regex \ --bc-pattern=".+(?PAACTGTAGGCACCATCAAT){s