Я работаю с данными о сворачивании РНК, которые проходят через программы ViennaRNA для преобразования обозначений точечных скобок и точечных графиков вероятности в диаграммы структуры РНК. Я могу «автоматизировать» ввод нескольких файлов в одну команду при использовании RNAfold, где все точечные скобки (
) файлы в этой папке передаются через команду, например
Однако RNAfold генерирует два выходных файла (например, RNA_ss.ps и RNA_dp.ps) из каждого входного файла (например, RNA.db) . Эти имена выходных файлов имеют тот же префикс, что и входной файл, поэтому они могут оставаться связанными. Эти два вывода затем необходимо передать через replot.pl вместе, который затем выводит один файл (
) также с таким же префиксом имени. Префикс имени (в данном примере РНК) представляет собой идентифицируемую информацию, которую необходимо сохранить (обычно это номера доступа к расшифровке).
До сих пор я вводил эту команду вручную.
Код: Выделить всё
relplot.pl RNA_1_ss.ps RNA_1_dp.ps > RNA_1_rss.ps
но теперь я буду иметь дело с сотнями таких пар
Код: Выделить всё
RNA_1_ss.ps
RNA_1_dp.ps
RNA_2_ss.ps
RNA_2_dp.ps
RNA_3_ss.ps
RNA_3_dp.ps
etc.
Я не могу автоматизировать это так же, как я сделал это с RNAfold, так как это не будет вводить файлы в пары имен (и в любом случае выдает ошибку). например
Поэтому мне нужен способ, который приведет к тому, что папка, содержащая многие из этих пар, будет передаваться через команду relplot.pl, соответствующую префиксу имени, и выводить файл с соответствующим префиксом. В идеале я хотел бы иметь возможность автоматизировать это так же, как я делаю другие команды, такие как RNAfold,
Я просто не знаю, как бы я поступил с этим, когда дело доходит до пар файлов и т. д., может кто-нибудь посоветуй что-нибудь?
Подробнее здесь:
https://stackoverflow.com/questions/793 ... nt-command
Мобильная версия