Нет модуля с именем cython: MacOS ⇐ Python

[Anonymous]

Во-первых, извините, если вопрос не очень ясен, я новичок в способе компиляции CMake на своем Mac. Я пытаюсь установить программное обеспечение молекулярной динамики под названием «EspressoMD» на свой Mac и следую инструкциям по установке из рекомендованного руководства: https://espressomd.github.io/doc/installation.html#id36
Я начинаю с установки всех необходимых компонентов (инструментов и библиотек), таких как CMake, Cython, SciPy и т. д., а затем создаю в папке каталог «сборки» со всеми файлами программного обеспечения (я скачал последнюю версию версия). Когда я запускаю cmake .. в каталоге «build», он выдает несколько предупреждений для разработчиков, за которыми следует следующее резюме:

Код: Выделить всё

-- The following OPTIONAL packages have been found:

* FFTW3
* GSL
* MpiexecBackend
* Doxygen
* Git

-- The following REQUIRED packages have been found:

* PythonInterp (required version >= 3.8)
* Cython (required version >= 0.29.14)
* PythonHeaders
* NumPy
* boost_container (required version == 1.87.0)
* boost_graph (required version == 1.87.0)
* MPI
* boost_mpi (required version == 1.87.0)
* boost_serialization (required version == 1.87.0)
* boost_atomic (required version == 1.87.0)
* boost_filesystem (required version == 1.87.0)
* boost_system (required version == 1.87.0)
* boost_headers (required version == 1.87.0)
* boost_unit_test_framework (required version == 1.87.0)
* Boost (required version >= 1.69.0)

-- The following OPTIONAL packages have not been found:

* Sphinx (required version >= 2.3.0)

-- Configuring done (0.9s)
-- Generating done (0.8s)
-- Build files have been written to: /Users/bhaveshvalecha/Downloads/espresso/build

Это кажется нормальным, поскольку все НЕТРЕБУЕМЫЕ пакеты отсутствуют. Но затем, когда я пытаюсь завершить установку, выполнив make -j$(nproc), она запускается нормально примерно до 72%, а затем резко останавливается со следующим сообщением об ошибке:

Код: Выделить всё

[  0%] Built target myconfig
[  0%] Built target generate_config_features
fatal: not a git repository (or any of the parent directories): .git
fatal: not a git repository (or any of the parent directories): .git
[  0%] Built target object_in_fluid
fatal: not a git repository (or any of the parent directories): .git
[  0%] Built target version
[  4%] Built target Espresso_shapes
[  4%] Built target check_myconfig
[  4%] Built target Espresso_config
[  6%] Built target gen_pxiconfig
[ 60%] Built target Espresso_core
[ 72%] Built target Espresso_script_interface
[ 74%] Generating code_info.cpp
[ 74%] Generating analyze.cpp
[ 74%] Generating _init.cpp
[ 74%] Generating interactions.cpp
[ 74%] Generating integrate.cpp
[ 74%] Generating cuda_init.cpp
[ 74%] Generating electrokinetics.cpp
[ 74%] Generating galilei.cpp
/opt/homebrew/opt/python@3.13/bin/python3.13: No module named cython
/opt/homebrew/opt/python@3.13/bin/python3.13: No module named cython
/opt/homebrew/opt/python@3.13/bin/python3.13: No module named cython
make[2]: /opt/homebrew/opt/python@3.13/bin/python3.13: No module named cython
*** [src/python/espressomd/cuda_init.cpp] Error 1
/opt/homebrew/opt/python@3.13/bin/python3.13: No module named cython
make[1]: *** [src/python/espressomd/CMakeFiles/espressomd_cuda_init.dir/all] Error 2
make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....
make[2]: *** [src/python/espressomd/analyze.cpp] Error 1
make[1]: *** [src/python/espressomd/CMakeFiles/espressomd_analyze.dir/all] Error 2
make[2]: *** [src/python/espressomd/galilei.cpp] Error 1
make[2]: *** [src/python/espressomd/code_info.cpp] Error 1
make[1]: *** [src/python/espressomd/CMakeFiles/espressomd_code_info.dir/all] Error 2
make[1]: *** [src/python/espressomd/CMakeFiles/espressomd_galilei.dir/all] Error 2
/opt/homebrew/opt/python@3.13/bin/python3.13: No module named cython
/opt/homebrew/opt/python@3.13/bin/python3.13: No module named cython
make[2]: *** [src/python/espressomd/integrate.cpp] Error 1
make[1]: *** [src/python/espressomd/CMakeFiles/espressomd_integrate.dir/all] Error 2
/opt/homebrew/opt/python@3.13/bin/python3.13: No module named cython
make[2]: *** [src/python/espressomd/_init.cpp] Error 1
make[2]: *** [src/python/espressomd/interactions.cpp] Error 1
make[1]: *** [src/python/espressomd/CMakeFiles/espressomd__init.dir/all] Error 2
make[1]: *** [src/python/espressomd/CMakeFiles/espressomd_interactions.dir/all] Error 2
make[2]: *** [src/python/espressomd/electrokinetics.cpp] Error 1
make[1]: *** [src/python/espressomd/CMakeFiles/espressomd_electrokinetics.dir/all] Error 2
make: *** [all] Error 2

Прогресс от начала до 72 % снова не отображается, но это просто набор успешно выполненных действий.
Я попробовал поискать в Google эту проблему «Нет модуля с именем cython», но я не могу найти решения, которое работало бы в моем случае. Я пробовал удалить и переустановить cython несколько раз, но это не помогло. В руководстве по установке это предупреждение упоминается при описании cython как одного из необходимых пакетов:

Инструменты среды Python могут позволить вам установить более поздний исполняемый файл Python. чем общесистемный исполняемый файл Python. Имейте в виду, что это может привести к проблемам совместимости, если Cython случайно получит общесистемный заголовочный файл Python.h. В этом случае вам придется вручную адаптировать пути включения компилятора C++, чтобы найти правильный заголовочный файл Python.h.

Но я не могу что-либо сделать из этого предупреждения. Может ли кто-нибудь здесь помочь мне с этой проблемой? Заранее большое спасибо и с нетерпением ждем решений
С уважением,
Бхавеш

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/793 ... thon-macos