Я передаю список генов, и на конечном изображении последовательно меняю «rnaseh2b» на «maseh2b».
Меня такое поведение озадачивает. Может ли кто-нибудь указать мне, что я делаю неправильно?
Я делаю около 15 тепловых карт, но вижу это изменение только в этом гене.
Этого гена не существует в NCBI или Ensembl (maseh2b), я видел, как он упоминается в некоторых статьях (¿?).
Я понимаю, что "rs" заменено на "m". ". Я пробовал изменить font.etc, но безрезультатно.
SO: Ubuntu 24.04.1 LTS (pro)
rnaseh2b изменен на maseh2b в окончательном изображении.
вот код:
** # Inspect the y-tick labels set by seaborn/matplotlib**
plt.rcParams["font.family"] = "Liberation Sans" # Example of a common font DejaVu Sans
plt.figure(figsize=(10, 8))
ax = sns.heatmap(
-np.log10(pvals_sorted), # Use the sorted p-value data
cmap="viridis",
linewidths=0.5,
cbar_kws={"label": "-log10(corrected p-value)"}
)
print("Y-tick labels on the heatmap:")
print([label.get_text() for label in ax.get_yticklabels()])
print("Data passed to sns.heatmap:")
print(-np.log10(pvals_sorted))
# Explicitly set y-tick labels
ax.set_yticklabels(pvals_sorted.index.tolist(), rotation=0)
title = f"Top Genes Heatmap (Corrected P-values): High vs Low {target_gene} Expression Groups"
if timepoint_filter:
title += f" (Timepoint: {timepoint_filter})"
if cell_type_filter:
title += f" (Cell Type: {cell_type_filter})"
ax.set_title(title, fontsize=14)
ax.set_xlabel(f"{target_gene} Expression Groups")
ax.set_ylabel("Genes")
# Save and show the plot
plt.savefig(f"./figures/{save_prefix}_{target_gene}_top_genes_heatmap_corrected_pvalues.png", dpi=600, bbox_inches="tight")
plt.show()
ax.set_yticklabels(pvals_sorted.index.tolist(), rotation=0)
print("Y-tick labels on the heatmap:")
print([label.get_text() for label in ax.get_yticklabels()])
Y-tick labels on the heatmap:
['lama1', 'rnaseh2b',
print("Data passed to sns.heatmap:")
print(-np.log10(pvals_sorted))
Данные передаются в sns.heatmap:
high low
lama1 4.009937 3.116815
rnaseh2b 3.318717 33.666719
Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/793 ... in-heatmap
Метки меняются на тепловой карте ⇐ Python
Программы на Python
1736424682
Anonymous
Я передаю список генов, и на конечном изображении последовательно меняю «rnaseh2b» на «maseh2b».
Меня такое поведение озадачивает. Может ли кто-нибудь указать мне, что я делаю неправильно?
Я делаю около 15 тепловых карт, но вижу это изменение только в этом гене.
Этого гена не существует в NCBI или Ensembl (maseh2b), я видел, как он упоминается в некоторых статьях (¿?).
Я понимаю, что "rs" заменено на "m". ". Я пробовал изменить font.etc, но безрезультатно.
SO: Ubuntu 24.04.1 LTS (pro)
rnaseh2b изменен на maseh2b в окончательном изображении.
вот код:
** # Inspect the y-tick labels set by seaborn/matplotlib**
plt.rcParams["font.family"] = "Liberation Sans" # Example of a common font DejaVu Sans
plt.figure(figsize=(10, 8))
ax = sns.heatmap(
-np.log10(pvals_sorted), # Use the sorted p-value data
cmap="viridis",
linewidths=0.5,
cbar_kws={"label": "-log10(corrected p-value)"}
)
print("Y-tick labels on the heatmap:")
print([label.get_text() for label in ax.get_yticklabels()])
print("Data passed to sns.heatmap:")
print(-np.log10(pvals_sorted))
# Explicitly set y-tick labels
ax.set_yticklabels(pvals_sorted.index.tolist(), rotation=0)
title = f"Top Genes Heatmap (Corrected P-values): High vs Low {target_gene} Expression Groups"
if timepoint_filter:
title += f" (Timepoint: {timepoint_filter})"
if cell_type_filter:
title += f" (Cell Type: {cell_type_filter})"
ax.set_title(title, fontsize=14)
ax.set_xlabel(f"{target_gene} Expression Groups")
ax.set_ylabel("Genes")
# Save and show the plot
plt.savefig(f"./figures/{save_prefix}_{target_gene}_top_genes_heatmap_corrected_pvalues.png", dpi=600, bbox_inches="tight")
plt.show()
ax.set_yticklabels(pvals_sorted.index.tolist(), rotation=0)
print("Y-tick labels on the heatmap:")
print([label.get_text() for label in ax.get_yticklabels()])
Y-tick labels on the heatmap:
['lama1', 'rnaseh2b',
print("Data passed to sns.heatmap:")
print(-np.log10(pvals_sorted))
Данные передаются в sns.heatmap:
high low
lama1 4.009937 3.116815
rnaseh2b 3.318717 33.666719
Подробнее здесь: [url]https://stackoverflow.com/questions/79342543/labels-get-changed-in-heatmap[/url]
Ответить
1 сообщение
• Страница 1 из 1
Перейти
- Кемерово-IT
- ↳ Javascript
- ↳ C#
- ↳ JAVA
- ↳ Elasticsearch aggregation
- ↳ Python
- ↳ Php
- ↳ Android
- ↳ Html
- ↳ Jquery
- ↳ C++
- ↳ IOS
- ↳ CSS
- ↳ Excel
- ↳ Linux
- ↳ Apache
- ↳ MySql
- Детский мир
- Для души
- ↳ Музыкальные инструменты даром
- ↳ Печатная продукция даром
- Внешняя красота и здоровье
- ↳ Одежда и обувь для взрослых даром
- ↳ Товары для здоровья
- ↳ Физкультура и спорт
- Техника - даром!
- ↳ Автомобилистам
- ↳ Компьютерная техника
- ↳ Плиты: газовые и электрические
- ↳ Холодильники
- ↳ Стиральные машины
- ↳ Телевизоры
- ↳ Телефоны, смартфоны, плашеты
- ↳ Швейные машинки
- ↳ Прочая электроника и техника
- ↳ Фототехника
- Ремонт и интерьер
- ↳ Стройматериалы, инструмент
- ↳ Мебель и предметы интерьера даром
- ↳ Cантехника
- Другие темы
- ↳ Разное даром
- ↳ Давай меняться!
- ↳ Отдам\возьму за копеечку
- ↳ Работа и подработка в Кемерове
- ↳ Давай с тобой поговорим...
Мобильная версия