Метки меняются на тепловой картеPython

Программы на Python
Ответить
Anonymous
 Метки меняются на тепловой карте

Сообщение Anonymous »

Я передаю список генов, и на конечном изображении последовательно меняю «rnaseh2b» на «maseh2b».
Меня такое поведение озадачивает. Может ли кто-нибудь указать мне, что я делаю неправильно?
Я делаю около 15 тепловых карт, но вижу это изменение только в этом гене.
Этого гена не существует в NCBI или Ensembl (maseh2b), я видел, как он упоминается в некоторых статьях (¿?).
Я понимаю, что "rs" заменено на "m". ". Я пробовал изменить font.etc, но безрезультатно.
SO: Ubuntu 24.04.1 LTS (pro)
rnaseh2b изменен на maseh2b в окончательном изображении.
вот код:
** # Inspect the y-tick labels set by seaborn/matplotlib**
plt.rcParams["font.family"] = "Liberation Sans" # Example of a common font DejaVu Sans
plt.figure(figsize=(10, 8))
ax = sns.heatmap(
-np.log10(pvals_sorted), # Use the sorted p-value data
cmap="viridis",
linewidths=0.5,
cbar_kws={"label": "-log10(corrected p-value)"}
)
print("Y-tick labels on the heatmap:")
print([label.get_text() for label in ax.get_yticklabels()])

print("Data passed to sns.heatmap:")
print(-np.log10(pvals_sorted))

# Explicitly set y-tick labels
ax.set_yticklabels(pvals_sorted.index.tolist(), rotation=0)

title = f"Top Genes Heatmap (Corrected P-values): High vs Low {target_gene} Expression Groups"
if timepoint_filter:
title += f" (Timepoint: {timepoint_filter})"
if cell_type_filter:
title += f" (Cell Type: {cell_type_filter})"
ax.set_title(title, fontsize=14)
ax.set_xlabel(f"{target_gene} Expression Groups")
ax.set_ylabel("Genes")

# Save and show the plot
plt.savefig(f"./figures/{save_prefix}_{target_gene}_top_genes_heatmap_corrected_pvalues.png", dpi=600, bbox_inches="tight")
plt.show()

ax.set_yticklabels(pvals_sorted.index.tolist(), rotation=0)

print("Y-tick labels on the heatmap:")
print([label.get_text() for label in ax.get_yticklabels()])

Y-tick labels on the heatmap:
['lama1', 'rnaseh2b',

print("Data passed to sns.heatmap:")
print(-np.log10(pvals_sorted))

Данные передаются в sns.heatmap:
high low
lama1 4.009937 3.116815
rnaseh2b 3.318717 33.666719


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/793 ... in-heatmap
Ответить

Быстрый ответ

Изменение регистра текста: 
Смайлики
:) :( :oops: :roll: :wink: :muza: :clever: :sorry: :angel: :read: *x)
Ещё смайлики…
   
К этому ответу прикреплено по крайней мере одно вложение.

Если вы не хотите добавлять вложения, оставьте поля пустыми.

Максимально разрешённый размер вложения: 15 МБ.

Вернуться в «Python»