Python не может найти ginsim и biolqm, как это исправить? ⇐ Python

[Anonymous]

У меня есть проект, который использует эти пакеты в программе, однако, когда я пытаюсь запустить программу, Python не может найти пакеты. Эти пакеты являются частью набора инструментов Colomoto. Я поместил код, который пытаюсь выполнить, ниже

Код: Выделить всё

import ginsim
import biolqm
import maboss
import pypint
import numpy as np
import pandas as pd # for the visualization of lists of states
from colomoto_jupyter import tabulate # for fixpoint table display
from itertools import combinations  # for iterating over sets
import matplotlib.pyplot as plt # for modifying plots

При попытке этого я получил следующую ошибку:

Код: Выделить всё

FileNotFoundError                         Traceback (most recent call last)
Cell In[1], line 1
----> 1 import ginsim
2 import biolqm
3 import maboss

File E:\project\bioenv\lib\site-packages\ginsim\__init__.py:6
3 import re
4 import sys
----> 6 import biolqm
8 from colomoto_jupyter import *
9 from colomoto_jupyter.sessionfiles import new_output_file

File E:\project\bioenv\lib\site-packages\biolqm\__init__.py:13
10 import pandas as pd
11 import numpy as np
---> 13 from ginsim.gateway import japi, restart
14 from ginsim.state import *
16 from py4j.java_gateway import JavaObject

File E:\project\bioenv\lib\site-packages\ginsim\gateway.py:61
58     if __env:
59         module._japi_start()
---> 61 start()
62 atexit.register(stop)

File E:\project\bioenv\lib\site-packages\ginsim\gateway.py:26, in start()
24 def start():
25     assert (not __env)
---> 26     __env["proc"] = subprocess.Popen(["GINsim", "-py"], \
27                         stdout=PIPE, stdin=PIPE, stderr=PIPE)
28     port = int(__env["proc"].stdout.readline().strip())
30     # start the gateway and return the entry point (GINsim's ScriptLauncher)

File E:\project\bioenv\lib\subprocess.py:858, in Popen.__init__(self, args, bufsize, executable, stdin, stdout, stderr, preexec_fn, close_fds, shell, cwd, env, universal_newlines, startupinfo, creationflags, restore_signals, start_new_session, pass_fds, encoding, errors, text)
854         if self.text_mode:
855             self.stderr = io.TextIOWrapper(self.stderr,
856                     encoding=encoding, errors=errors)
--> 858     self._execute_child(args, executable, preexec_fn, close_fds,
859                         pass_fds, cwd, env,
860                         startupinfo, creationflags, shell,
861                         p2cread, p2cwrite,
862                         c2pread, c2pwrite,
863                         errread, errwrite,
864                         restore_signals, start_new_session)
865 except:
866     # Cleanup if the child failed starting.
867     for f in filter(None, (self.stdin, self.stdout, self.stderr)):

File E:\project\bioenv\lib\subprocess.py:1327, in Popen._execute_child(self, args, executable, preexec_fn, close_fds, pass_fds, cwd, env, startupinfo, creationflags, shell, p2cread, p2cwrite, c2pread, c2pwrite, errread, errwrite, unused_restore_signals, unused_start_new_session)
1325 # Start the process
1326 try:
-> 1327     hp, ht, pid, tid = _winapi.CreateProcess(executable, args,
1328                              # no special security
1329                              None, None,
1330                              int(not close_fds),
1331                              creationflags,
1332                              env,
1333                              cwd,
1334                              startupinfo)
1335 finally:
1336     # Child is launched. Close the parent's copy of those pipe
1337     # handles that only the child should have open.  You need
(...)
1340     # pipe will not close when the child process exits and the
1341     # ReadFile will hang.
1342     self._close_pipe_fds(p2cread, p2cwrite,
1343                          c2pread, c2pwrite,
1344                          errread, errwrite)

FileNotFoundError: [WinError 2] The system cannot find the file specified

• Согласно предыдущим предложениям, я создал в Miniconda среду под названием bioenv и использовал ipykernel, чтобы использовать эту среду в качестве ядра в Jupyter. Я все еще получаю ту же ошибку. Я установил все необходимые пакеты в этой среде.

Команда для установки пакетов:

Код: Выделить всё

conda install -c colomoto -c bioconda -c conda-forge -c potassco ginsim-python

• Я также пытался изменить переменную PATH в соответствии с CHATGPT, но это меня ни к чему не привело. GINsim нормально работает как файл .jar, который я установил с официального сайта.

Мне хотелось бы знать, что происходит, и решить эту проблему. . Спасибо.

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/793 ... i-fix-this