Итак, моя цель — помочь группе биологов использовать библиотеку Python через язык R, потому что они знают только этот язык. Библиотека scSpectra, это не совсем обычная библиотека. Им нужны еще несколько библиотек, например pyvis и rpy2.
Существует библиотека R (сетчатая), которая позволяет использовать скрипты и библиотеки Python. Цель состоит в том, чтобы биологи установили среду Python на свой компьютер, а затем использовали reticulate в R для вызова библиотеки scSpectra.
У меня возникли проблемы с установкой scSpectra на моем компьютере, поэтому я думаю, что просить биологов установить библиотеки не получится.
Итак, как лучше всего легко поделиться средой Python?
Я пытался создать venv на Python, но вот до чего дошло неправильный. Установка с помощью pip rpy2 и pyvis прошла хорошо, но когда я пытаюсь установить scSpectra, что-то идет не так с установкой numpy (scSpectra требует определенного диапазона версий). Я не нашел, как решить эту проблему.
Затем я попытался создать среду conda, но у меня все еще возникли проблемы с загрузкой numpy, которые мне удалось решить на этот раз. Я не знаю, смогу ли я каким-либо образом поделиться этой средой...
Моя последняя догадка — использовать docker, но я никогда им не пользовался, поэтому не знаю. если она совместима с «сетчатой» библиотекой R.
Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/793 ... nvironment
Как проще всего поделиться средой Python? ⇐ Python
-
- Похожие темы
- Ответы
- Просмотры
- Последнее сообщение