Извлечение данных из файла h5 ⇐ Python

[Anonymous]

Я хочу извлечь некоторые данные из файла h5. Внутри него есть групповой класс, и каждый групповой класс имеет определенные атрибуты и данные, связанные с ним в словарной форме. Я нашел способ получить его и записать в новый файл h5, но это грубая сила. Возможно, это можно написать более разумно.

Код: Выделить всё

group_names = ["Group1", "Group2"]
# Open the input HDF5 file
with h5py.File(input_file, "r") as f:
for group_name in group_names:
for key in f.keys():
# Check if the key matches the desired group_name and contains "radius"
if group_name in key and "radius" in key:
# Define the group path
group_path = f[key]

# Open a new HDF5 file for writing
with h5py.File(path + f"{group_name}.h5", "w") as h5_out:
# Copy attributes
for attr in group_path.attrs:
h5_out.attrs[attr] = group_path.attrs[attr]

# Copy datasets
for dataset_name, dataset in group_path.items():
# Copy the dataset directly to the root of the new file
h5_out.create_dataset(dataset_name, data=dataset[...], **dataset.attrs)

print(f"Copied contents of group '{key}' to '{output_file}' without the extra layer.")

Мой входной файл h5 имеет структуру следующего типа.

Код: Выделить всё

HDF5 "input_file.h5" {
FILE_CONTENTS {
group      /
group      /Group1
dataset    /Group1/data
group      /Group2
dataset    /Group2/data
}}

Как извлечь данные Group1 и Group2, улучшив описанное выше?


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/793 ... om-h5-file