Как я могу заставить rpy2 успешно установить или получить доступ к tidyverse в Linux? ⇐ Python

[Anonymous]

Я пытаюсь использовать tidyverse в rpy2 (версия 3.5.16) на своем компьютере с Linux Mint. Я полагаю, что есть два потенциальных способа выполнить эту задачу: (1) использование установки tidyverse, которая уже работает в консоли R и RStudio, или (2) импорт tidyverse в rpy2. Я предпочитаю использовать первый вариант, чтобы можно было применять один и тот же набор пакетов для задач в R и Rpy2.
Вариант 1: Импорт уже существующего пакета tidyverse
Я использовал sudo apt install r-base r-cran-tidyverse, чтобы установить tidyverse на свой компьютер. Я считаю, что эта установка прошла правильно, поскольку следующий код не вызывает никаких ошибок в моей консоли R и RStudio:

Код: Выделить всё

library(tidyverse)

Однако выполнить следующий код Python в блокноте Jupyter не удается:

Код: Выделить всё

import rpy2
from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
survey = importr('survey')
srvyr = importr('srvyr')

Сообщение об ошибке:

Код: Выделить всё

PackageNotInstalledError: The R package "tidyverse" is not installed.

Есть ли способ указать Rpy2 на существующую установку tidyverse?
Вариант 2: установка новой копирование tidyverse с помощью rpy2[/b]
Этот вариант мне тоже не подходит. Я попробовал запустить следующий скрипт Python:

Код: Выделить всё

import rpy2
from rpy2.robjects.packages import importr
# import R's "base" package
base = importr('base')

# import R's "utils" package
utils = importr('utils')
utils.install_packages('tidyverse')
print("Done!")

Однако через несколько минут после начала установки появилось сообщение об ошибке:

Код: Выделить всё

ERROR: dependencies ‘conflicted’, ‘ragg’, ‘reprex’ are not available for package ‘tidyverse’
* removing ‘/home/myusername/miniforge3/envs/myenv/lib/R/library/tidyverse’

Я думал, что смогу решить эту проблему, установив пакеты по отдельности, но когда я запустил utils.install_packages('conflicted'), я получил следующее сообщение:
р>

Код: Выделить всё

ERROR: dependency ‘memoise’ is not available for package ‘conflicted’

Я также мог бы попытаться вручную установить memoise, но я полагаю, что этот пакет, в свою очередь, может зависеть от другого отсутствующего пакета. Есть ли более простой способ автоматической установки недостающих пакетов?

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/792 ... thin-linux