«pip install pytetgen» не может найти модуль Cython, но «pip install Cython» показывает, что он уже установлен ⇐ Python

[Anonymous]

Я использовал Spack 0.24.0.dev0 для создания среды, включающей Python 3.13.0, а также использовал Spack для установки нескольких модулей Python, включая Cython.
Теперь мне нужно для установки модуля pytetgen (https://pypi.org/project/pytetgen/). Однако, когда я пытаюсь pip install pytetgen, установка завершается с ошибкой, говоря, что не удается найти модуль Cython. Но я могу вручную загрузить Cython из Python. И pip install Cython правильно сообщает мне, что модуль уже установлен. Моя переменная PYTHONPATH также, похоже, правильно указывает на модули, установленные spack.
Может ли кто-нибудь помочь мне устранить проблему дальше? Я, как и мои коллеги, в растерянности.
Похоже, что моя среда spack содержит правильный Python с необходимыми модулями:

Код: Выделить всё

$ spack find
==> In environment sierra_gcc
==> 10 root specs
[+] [email protected]  [+] py-matplotlib  [+] py-pandas  [+] py-scikit-learn  [+] python
[+] py-cython      [+] py-numpy       [+] py-pip     [+] py-setuptools    [+] seacas

-- linux-rhel8-icelake / [email protected] -----------------------------
[email protected]                       [email protected]          parallel@20240822            [email protected]
[email protected]                     [email protected]         [email protected]       [email protected]
[email protected]                 [email protected]         [email protected]                  [email protected]
[email protected]                         [email protected]   [email protected]                  [email protected]
[email protected]                         [email protected]           [email protected]                     [email protected]
[email protected]                      [email protected]     [email protected]                [email protected]
ca-certificates-mozilla@2023-05-30  [email protected]         [email protected]                   [email protected]
[email protected]                        [email protected]  [email protected]             [email protected]
[email protected]                          [email protected]       [email protected]           [email protected]
[email protected]                        [email protected]         [email protected]                [email protected]
[email protected]                         [email protected]      [email protected]             [email protected]
[email protected]                      [email protected]         [email protected]             [email protected]
[email protected]                         [email protected]         [email protected]           [email protected]
[email protected]                     [email protected]         [email protected]          [email protected]
[email protected]                          [email protected]      [email protected]                [email protected]
[email protected]                     [email protected]        [email protected]              [email protected]
[email protected]                  [email protected]        [email protected]          seacas@2024-08-15
[email protected]                           [email protected]            [email protected]          [email protected]
[email protected]                      [email protected]             [email protected]       [email protected]
[email protected]                          [email protected]          [email protected]               [email protected]
[email protected]                          [email protected]           [email protected]            [email protected]
[email protected]                         [email protected]          [email protected]              [email protected]
[email protected]                         [email protected]           [email protected]             [email protected]
[email protected]                        [email protected]        [email protected]                [email protected]
[email protected]                    [email protected]        [email protected]                  [email protected]
[email protected]                       [email protected]          [email protected]           [email protected]
[email protected]                         [email protected]        [email protected]           [email protected]
[email protected]                        [email protected]       [email protected]  [email protected]
[email protected]                       [email protected]         [email protected]     [email protected]
[email protected]                [email protected]         [email protected]
[email protected]                     [email protected]         [email protected]
==> 122 installed packages
==> 0 concretized packages to be installed (show with `spack find -c`)

Среда указывает на правильный двоичный файл Python:

Код: Выделить всё

$ which python
~/spack/var/spack/environments/sierra_gcc/.spack-env/view/bin/python

Из Python я могу легко загружать модули, включая Cython:

Код: Выделить всё

$ python
Python 3.13.0 (main, Dec  3 2024, 14:21:56) [GCC 10.2.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy as np
>>> from Cython import *
>>>

PYTHONPATH кажется правильным:

Код: Выделить всё

$ echo $PYTHONPATH
/home/tvj/spack/var/spack/environments/sierra_gcc/.spack-env/view/lib:/home/tvj/spack/var/spack/environments/sierra_gcc/.spack-env/view/lib/python3.13/site-packages:.

Когда я пытаюсь установить Cython с помощью pip, он уже видит, что модуль установлен:

Код: Выделить всё

$ pip install Cython
Requirement already satisfied: Cython in ./spack/var/spack/environments/sierra_gcc/.spack-env/view/lib/python3.13/site-packages (3.0.11)

Однако pip install pytetgen не распознает модуль Cython:

Код: Выделить всё

$ pip install pytetgen
Collecting pytetgen
Using cached pytetgen-0.2.2.tar.gz (409 kB)
Installing build dependencies ... done
Getting requirements to build wheel ... error
error: subprocess-exited-with-error

× Getting requirements to build wheel did not run successfully.
│ exit code: 1
╰─> [23 lines of output]
Traceback (most recent call last):
File "/home/tvj/spack/var/spack/environments/sierra_gcc/.spack-env/view/lib/python3.13/site-packages/pip/_vendor/pyproject_hooks/_in_process/_in_process.py", line 353, in 
main()
~~~~^^
File "/home/tvj/spack/var/spack/environments/sierra_gcc/.spack-env/view/lib/python3.13/site-packages/pip/_vendor/pyproject_hooks/_in_process/_in_process.py", line 335, in main
json_out['return_val'] = hook(**hook_input['kwargs'])
~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/tvj/spack/var/spack/environments/sierra_gcc/.spack-env/view/lib/python3.13/site-packages/pip/_vendor/pyproject_hooks/_in_process/_in_process.py", line 118, in get_requires_for_build_wheel
return hook(config_settings)
File "/tmp/pip-build-env-yzg25sy8/overlay/lib/python3.13/site-packages/setuptools/build_meta.py", line 334, in get_requires_for_build_wheel
return self._get_build_requires(config_settings, requirements=[])
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/tmp/pip-build-env-yzg25sy8/overlay/lib/python3.13/site-packages/setuptools/build_meta.py", line 304, in _get_build_requires
self.run_setup()
~~~~~~~~~~~~~~^^
File "/tmp/pip-build-env-yzg25sy8/overlay/lib/python3.13/site-packages/setuptools/build_meta.py", line 522, in run_setup
super().run_setup(setup_script=setup_script)
~~~~~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/tmp/pip-build-env-yzg25sy8/overlay/lib/python3.13/site-packages/setuptools/build_meta.py", line 320, in run_setup
exec(code, locals())
~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^
File "", line 5, in 
ModuleNotFoundError: No module named 'Cython'
[end of output]

note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
error: subprocess-exited-with-error

× Getting requirements to build wheel did not run successfully.
│ exit code: 1
╰─> See above for output.

note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.

[notice] A new release of pip is available: 23.1.2 -> 24.3.1
[notice] To update, run: python3 -m pip install --upgrade pip

По своему незнанию я пробовал варианты, включая pip3 install pytetgen, python -m pip install pytetgen, все с той же ошибкой.Похоже, это может быть связано с: (pip install не может найти пакет во время сборки, даже если он установлен), однако обходной путь добавления setup_requires=['Cython'] сработал не работает для меня.
Я отмечаю, что pytetgen, похоже, использует distutils в установочном файле. Может ли это быть связано с проблемой?

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/792 ... thon-shows